Pro Búsqueda unterhält in der Landeshauptstadt San Salvador ein Büro, in dem JuristInnen, PsychologInnen und andere Fachleute arbeiten. Das Team setzt sich aus folgenden Abteilungen zusammen:
Abteilung für
Nachforschungen und Rechtshilfe
psychosoziale Begleitung
Organisation der Familienangehörigen und Advocacy
Verwaltungsabteilung