連載時は『第15回 時系列画像で輝度と位置の複合的なダイナミクスを解析する』になります。
2017年1月19日に判明したインストール方法の変更です。これまではQuimpのサイトにメールアドレスを登録してダウンロードすることになっていましたが、Fijiのアップデートサイトからインストールできるようになりました。坂上さんからのメーリングリストへの報告を以下、ペーストします。
ImageJではじめる生物画像解析を使って
画像処理の勉強をしております。
第4章の6のQuimpですが,
http://go.warwick.ac.uk/quimpからダウンロード
するやり方が変わったようです。
FijiのManage update sitesにて
Name: QuimPUpdate
Host: pilip.lnx.warwick.ac.uk
Directory on Host: quimp-update-site/
URL: http://pilip.lnx.warwick.ac.uk/quimp-update-site/
を設定して,インストールするようになったみたいです。
このやり方で,インストールしたのですが,
書籍のサンプル画像が含まれていませんでした。
そのため,問い合わせしましたところ,
新しいフォーマットになって,昔のサンプルが
利用できなくなった(コンバーターがある)とのことです。
以下メールを添付します。
確認テストのファイルで進めてみます。
Dear Testsuya Sakashita,
Thank you for your interest. Attached are Matlab files from old QuimP (contains
also walkthrough.m). Please, keep in mind that latest QuimP versions do not use
"old" file formats directly (*.paQP, *.snQP). Therefore, if you want to run
attached code, you have to convert QCONF file (which is native QuimP format) to
paQP using Format Converter when you finish the analysis.
Currently, Format Converter can retrieve only paQP and snQP files from new QCONF.
Feel free to contact me if you meet any problems with QuimP.
Best regards
Piotr Baniukiewicz
On 18/01/17 01:51, Tetsuya Sakashita wrote:
> Dear Dr. Piotr Baniukiewicz,
>
> I am a researcher of QST of Japan.
> I want to test your QuimP.
> I already installed and registered QuimP.
>
> But, I could not get the sample files of
> QuimP_walkthrough_files.
>
> Would you please teach me how to get them from your site?
>
> Sincerely yours,
>
> Tetsuya Sakashita
サンプル画像GFPAX20013-1.tif.zipはサンプル画像用のプラグインに含まれているが、以下リンクからもダウンロードできる。
この細胞性粘菌の動画は大阪大学理学研究科の宮永之寛さんと上田昌宏さんに提供していただいた。ここに感謝したい。
また、QuimPのBOAによる分節化で私が使ったパラメータなどは、下記リンク
に梱包したので、参照にしてほしい。
記事でリンクしたURLは以下である。