連載時は『第１４回 形態の時間的変化を解析する』になります。
サンプル画像用のプラグインに含まれているが、次のリンクからもダウンロードできる。
この画像は下記の論文の補助データにあるvideo2から抜き出したものである。Nature Publishing Groupの許可を得てウェブ上に公開している。
Bieling, P., Laan, L., Schek, H., Munteanu, E. L., Sandblad, L., Dogterom, M., … Surrey, T. (2007). Reconstitution of a microtubule plus-end tracking system in vitro. Nature, 450(7172), 1100–5. doi:10.1038/nature06386
ffmpegは動画変換のためのとても便利なコマンドラインツールである。OSXでのインストールはhomebrewを使ったインストールが簡便である。
brew install ffmpeg でインストールが完了する。Windowsの場合は、自分でコンパイルするか、良心的な方々がバイナリを配布しているのでそれをダウンロードしてインストールする（Windowsの環境を私は使っていないので、チェックしていません）。
例えばsample.movという動画ファイルを、sample<連番>.tifというフレームごとのtifファイルに変換したいとする。最初に
ffmpeg -i sample.mov
というコマンドで、動画のfps(frames per sec, 一秒あたりのフレーム数をチェックする)。以下が出力結果。
$ ffmpeg -i sample.movffmpeg version 2.3.3 Copyright (c) 2000-2014 the FFmpeg developers built on Aug 25 2014 19:46:52 with Apple LLVM version 5.1 (clang-503.0.40) (based on LLVM 3.4svn) configuration: --prefix=/usr/local/Cellar/ffmpeg/2.3.3 --enable-shared --enable-pthreads --enable-gpl --enable-version3 --enable-nonfree --enable-hardcoded-tables --enable-avresample --enable-vda --cc=clang --host-cflags= --host-ldflags= --enable-libx264 --enable-libfaac --enable-libmp3lame --enable-libxvid libavutil 52. 92.100 / 52. 92.100 libavcodec 55. 69.100 / 55. 69.100 libavformat 55. 48.100 / 55. 48.100 libavdevice 55. 13.102 / 55. 13.102 libavfilter 4. 11.100 / 4. 11.100 libavresample 1. 3. 0 / 1. 3. 0 libswscale 2. 6.100 / 2. 6.100 libswresample 0. 19.100 / 0. 19.100 libpostproc 52. 3.100 / 52. 3.100Input #0, mov,mp4,m4a,3gp,3g2,mj2, from 'sample.mov': Metadata: major_brand : qt minor_version : 537199360 compatible_brands: qt creation_time : 2007-11-26 12:19:29 Duration: 00:00:06.67, start: 0.000000, bitrate: 5245 kb/s Stream #0:0(eng): Video: rpza (rpza / 0x617A7072), rgb555le, 328x267, 5243 kb/s, 15 fps, 15 tbr, 600 tbn, 600 tbc (default) Metadata: creation_time : 2007-11-26 12:19:29 handler_name : Apple Alias Data Handler encoder : VideoAt least one output file must be specified下の方に
Stream #0:0(eng): Video: rpza (rpza / 0x617A7072), rgb555le, 328x267, 5243 kb/s, 15 fps, 15 tbr, 600 tbn, 600 tbc (default) というビデオのエンコーディングに関する情報がある。15fpsであることがわかる。
次に変換である。現在のフォルダに
mkdir tif と適当な出力フォルダを作成し
ffmpeg -y -i sample.mp4 -an -r 15 -pix_fmt rgb24 -vcodec tiff tif/sample%06d.tif というコマンドを実行する。$$$-r$$$というオプションがあるが、これがfpsの指定なので 15 となる。"tif/sample%06d.tif"は出力ファイル名のテンプレートで、sampleのあとに6桁の1から始まる連番が各フレームの画像に与えられることになる。