Embedded Files
注意：以下の内容は『ImageJ定量階梯』連載第2回の時の内容で、情報は古くなっています。
LOCIツールの使い方
本家LOCIのページと以下のFiji, OMEのページにはLOCIツールの使い方について記述はほとんどない。
Fijiのページ http://fiji.sc/Bio-Formats
OMEのページ http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats4/users/imagej/load-images.html
しかしながら、実はLOCIツールが起動したときの以下のウィンドウを見ると分かるように、ウィンドウ右側に詳しい使い方の記述がある。
基本的にはこの説明を読んでいただければそれで事足りるが、少々項目ごとの補足説明を記述する。
Stack viewing
開いた多次元データをどのように表示するかの選択肢である。
いくつかのプラグインを利用して開くことができる。つまり、LOCIツールはこれら他のプラグインを利用して多次元データを表示する。Z軸方向や時間軸方向への画像の連なりがどの順番か指定することで、どんな順番で保存されたデータでも正しく開くことができる（XY軸は画像の縦と横に対応するので固定されている）。
Dataset organization
多次元データの構成をどのように扱うかの選択肢。
2次元の画像 x (時間 and/or 色 and/or Z軸)をどのように構成するか。ここで書かれているfileとは保存されている個々の画像とほぼ同じ意味で使われている。
Color options
色（波長）情報の選択肢。上記の次元選択で正しく色を選んでいないとおかしなことになる。
Metadata viewing
輝度値以外の画像の情報を表示する選択肢。
多次元データではこれを参照して画像取得時と同じ次元の選択を行っているか確認することも重要である。
Memory management
多次元データはメモリを消費し易いため、開く際にメモリを節約する選択肢を選ぶことができる。
Split into separate windows
全ての次元をまとめた表示法ではなく、特定の次元で別々にデータを開く選択肢も選ぶことができる。
Lookup-table練習のための錯視データ
以下のillution.tifをダウンロードしてFiji (ImageJ)で開くとグレースケールの画像が現れる。
画像に配置してある各四角の輝度値が同じかどうか、lookuptableを変えて確認しよう。
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