注意：以下の内容は2013年12月号『ImageJ定量階梯』連載第1回の時の内容で、情報は古くなっています。
学研メディカル秀潤社のウェブサイトに掲載されます。掲載日は発刊日の予定です。
p1278二列目のコードが間違っています。
val = getPixel(100, 150); print(val); 50, 30000);となっていますが、二行目の最初のセミコロン以降は必要なく、このままだとエラーになります。以下が正しいコードになります。
val = getPixel(100, 150); print(val);まず下記のダウンロードページにアクセスする．
使用しているOSによって，どれか一つを選んでダウンロードする．"All Platforms"というパッケージに関しては，特別の理由がない限り選ばなくて良い．下に少々詳しく説明するので，それを読んで，"All Platforms"がよければそれを選択する．
また，Windows，Linuxに関して32-bit，64-bitの選択肢がある．これはつかっているシステムが32ビットの場合重要である．32ビットのシステムで64-bitのパッケージは利用できないからである．64ビットのシステムでは32ビットのソフトを使うことができるが，64-bitのバージョンをダウンロードすることをおすすめする．システムが32ビット版か64ビット版かを調べる方法は下を参照にせよ．
ダウンロードした圧縮ファイルを解凍し，Windowsの場合はFijiのフォルダ（Fiji.app）をデスクトップに置く．Program Files以下に配置すると，ファイル書き込みができないなどの問題で使えない．実行するには，Fiji.appフォルダ内のfiji-win64.exeを（32ビットバージョンの場合はfiji-win32.exe）ダブルクリックする．デスクトップにショートカットを作っておくと便利である．
OSXの場合は.dmgファイルをダブルクリックすると，Fijiをアプリケーションフォルダにドラッグせよというインストールのウィンドウが表示されるので，そのとおりにする．ただ，ドラッグの先がデスクトップであってもどこであってもFiji.appをダブルクリックすると作動する．
Linuxでも解凍したファイルをどこにおいてもよい．
2013年10月2日現在，"Life-Line Version"というバージョンもダウンロードできるようになっている．これは7月15日から，ImageJ2（GUIの見た目は似ているが全く新しくなったImageJと考えて良い）をFijiに組み込むための作業が行われており，このためにさまざまなトラブルが発生すると予想されている．このため，7月15日時点での状態のFijiがダウンロードできるようになっている．当面はこちらを使うことをお勧めする．
こちらに調べ方が書いてある．
自分のパソコンが 32 ビット版か 64 ビット版かを確認したい
あるいはC:\以下に
の2つのフォルダがあったら64ビットのシステムなので，64-bitを選択すれば良い．32-bitの場合，使用できるメモリの上限が2ギガバイト以下になる．
ターミナルで
uname -a と打ち込んで，出力にx86_64という文字列が見えたら64-bitを選択すればよい．
詳しくはこちらを参照に．
Linux(Ubuntu)が32bitなのか64bitなのか見分ける方法
ImageJやFijiはJavaの実行環境で作動する．Javaとは，WindowsやOSXなどのOSと同じようなシステムと考えてよいが，他のOSの上にそのシステムを走らせるので，Virtual Systemとも呼ばれる．大抵のOSにはすでにJavaのシステム（実行環境）がインストールされている．Java Runtime Environment(JRE)という．
Windows, OSX, Linuxのパッケージは，Javaの実行環境（JRE）がパッケージにすでに含まれているので，使っているOSに既にインストールされているJavaとは関係なくそのバンドルされたJavaの実行環境が使われる．一方，All-Platformsというパッケージには，JREが含まれておらず，使っているOSにインストールされているJREが使われる．
OSのJREを使えば，自分でJREのバージョンを選択できることやさまざまなチューニングが可能という利点がある一方，問題もある．JREの最新バージョンは現在1.7であるが，ImageJやFijiは1.6を使って開発されており，実行するときもJRE1.6を使うことを推奨している．もし使っているOSにインストールされているJREのバージョンが1.7であれば，All-Platformsバージョンは使わないほうがよい．
ビルドしたパッケージではなく，ソースから自分でコンパイルしたい，という方に，簡単にその方法を説明する．Fijiは目下，GitHubを中心にして開発されている．
次の一連のコマンドでプロジェクトをクローンし，ビルドする．
git clone git@github.com:fiji/fiji.git cd fiji ./Build.shダウンロードも行われるのでしばらく時間がかかる．ビルドが完了したら
./fiji というコマンドでFijiを立ち上げることができる．gitはOSXの場合はHomebrewをインストールすれば自動的にインストールされているはずである．Windowsの場合は，msysgitをインストールすることをお勧めする．Fijiの管理者であるJohannesは，msysgitの管理者でもある．