以下の内容は2013年12月号『ImageJ定量階梯』連載第一回の時の内容で、情報は古くなっています。
ImageJではプラグインと呼ばれるファイルを追加することで、あらたな画像処理・解析機能を追加することができる。追加の方法は簡単で、
大抵の場合は、この作業の後に新しいメニューアイテムが[Plugins >]の下に追加されるので、即座に使用可能となる。
上の手順がよくわからない、という方はこちらのリンク先に詳しく書かれているので、参照されたい。
http://life-science-project.com/1018/
このリンク先のページに書かれていない詳細があるので、以下追加情報ということで書き加える。
ソースコードそのもので、このファイルのままでは実行されない。[Plugins > Compile and Run…] で、ソースコードを指定することでコードがコンパイルされて.classファイルになる。
例：/plugins/Graphics/Example_Plot.java
このファイルは、プラグインフォルダの中にあるGraphicsというフォルダにある。なお、現在のフォルダがImageJであることを前提にしている。以下も同様である。
プラグインのファイル形式でもっとも単純なものは、拡張子が.classのファイルである。これはJavaで書いたコードをコンパイルしたそのままのものである。
例：……/ImageJ/plugins/Graphics/Example_Plot.class
Graphicsフォルダに入っているので、メニューでは
[Plugins > Graphics > Example Plot]として表示される。
ソースコードがいくつものクラスを使用している場合には、これをまとめた.jarというファイルになる。このファイル形式はzipと同様の圧縮形式で、zip解凍ソフトなどを使えば、中身のファイルにアクセスすることができる。ただし、実際に解凍することはほとんどない。コマンドラインからは次のようにすると、jarファイルの中身をリストすることができる。
jar tf <filename>.jar 例としては次のようになる。
(pwd > /Applicaitons/ImageJ) # OSXでの例 jar tf /plugins/Input-Output/Animated_Gif.jar 出力結果は以下である。
AnimatedGifEncoder.class Animated_Gif_Reader.class Animated_Gif_Reader.java Animated_Gif_Writer.class Animated_Gif_Writer.java GifDecoder.class GifFrame.class LZWEncoder.class NeuQuant.class plugins.config クラスファイル(.class)とそのソースコード(.java)から構成されているが、その他のファイルであるplugins.configはメニューツリーにおいてアイテムが現れる位置を指定する設定ファイルである。このファイルだけを抽出して中を見てみよう。
jar xf /Applications/ImageJ/plugins/Input-Output/Animated_Gif.jar plugins.config cat plugins.config 出力は
# Description: # These plugin open an animated gif as a stack and # and save a stack as an animated gif. They are # installed as the File>Import>Animated Gif... # and File>Save As>Animated Gif commands. # Authors: Kevin Weiner and Ryan Raz # Date: 2007/06/28 # Generate the jar file using: "jar cvfM Animated_Gif.jar *" File>Import, "Animated Gif...", Animated_Gif_Reader File>Save As, "Animated Gif... ", Animated_Gif_Writer シャープではじまる行はコメントなので、機能とは直接関係ない。最後の二行が、プラグインがメニューツリーのどこに現れるかを指定している。この場合には、[File > Import > Animated Gif…]および[File > Save As > Animated Gif…]として機能が追加される。
ImageJマクロ言語で書かれたファイルである。ファイルの名前にアンダースコア（_）を入れ、プラグインフォルダに置くと、プラグインのアイテムとしてメニューに現れるようになる。
例： ……/ImageJ/plugins/Macros/Show_All_LUTs.txt
それぞれJavascriptないしJythonで書かれたプラグインのファイルである。これらのファイルでも、ファイルメニューにアンダースコアを加える事でメニューに現れるようになる。