תכנית הלימודים בגן נעה סביב שני צירים עיקריים:
תכניות לימוד שפותחו עבור גני הילדים של החינוך הרגיל, ותוכניות לימודים ייחודיות לחינוך המיוחד.
תכנית לימודים אישית (תל"א) המותאמת לצרכיו של כל ילד, בהתאם לחוק החינוך המיוחד.
תוכנית השילוב
תל"א - תוכניות לימודים אישית
גינה לימודית
הידרותרפיה
הפעלה עם חיות
המשחק החברתי