Tools

分子系統解析

• IQTREE: 最尤系統解析。モデル選択から樹形検定まで何でもできちゃう。

http://www.iqtree.org/

• RAxML, ExaML: 最尤系統解析。並列計算に対応してる。

https://cme.h-its.org/exelixis/software.html

• FastTree: 爆速最尤系統解析tool。

http://www.microbesonline.org/fasttree/

• MrBayes: ベイズ法による系統解析と言えばこれ。

http://nbisweden.github.io/MrBayes/

• PhyloBayes: 巨大並列コンピュータに適してるベイズ法による系統解析

http://www.atgc-montpellier.fr/phylobayes/

Genome, Transcriptome assembly

• Trinity: de novoでのTranscriptomeのアセンブリならこれ。

https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

• SPAdes, metaSPAdes: de novoでのGenomeアセンブリに適している

http://cab.spbu.ru/software/spades/

• Canu: NanoporeやPac bioのシーケンスアセンブリに適している（あんまりよくわからない。ロングリード用ってことか？）

https://canu.readthedocs.io/en/latest/