微生物生態学会＠東京科学大学に参加してます。東京科学大学になってから始めてきた。大岡山キャンパス。
書けんヒーを出した。いつになったら通るんだ、これ。
PUPA論文が公開されました！MDPIだけど。Proofが送られてきてからおよそ48時間で公開となりました。24時間でProof確認しろって無茶言うじゃん。
僕の初のレビュー論文がアクセプトされました！MDPIだけど。APC料はタダにしてもらったし。タイトルは"Protists with Uncertain Phylogenetic Affiliations for Resolving the Deep Tree of Eukaryotes"です。系統的帰属がわからない原生生物を"Protists with Uncertain Phylogenetic Affiliations: PUPA"として定義し、それらの系統的位置を明らかにすることでeToLの解像度が上がってきたということをまとめたものです。PUPAをこの世に広めていきましょう(笑)
僕とMEMの後輩の原田君が参画したトリコモナスのオートファジー論文がJ. Euk. Microbiol.に受理されました！よかったね。あと、代休で群馬でイワナ釣ってた。
代休でマグロ釣りに行きました！釣りのできる時間残り20分まで何もかからず、絶望していた中、ばたばたとソウダが釣れて、ラスト1で8kg（推定）のキハダをFish On!!
最高だった。
ICOP2025に参加します。Glissandraの系統進化の論文について話しました。白鳥とちゃんとすり合わせればよかった(笑)
日本土壌微生物学会に参加しました。とても有意義だった。微生態もいいけど、よりDeepな感じでした。わりと分子生物学・細胞生物学的なノリもあるし。僕が一時期Miseqを借りるために出入りしてた研究所の人が、在野の研究者として発表しててびっくり。
PUPA論文ことGlissandraの系統進化の論文がOpen Biology誌公開されました。プレスリリースもしてます。
今年も帯広でサンプリング。カレーのインディアンは最高。帯広での飯の3/5がインディアン。
BC at Mt. Shibutsu!とてもとてもひろいバーンでした。とてもイージーに登れてよかった。
プレプリントのPUPA論文がOpen Biology誌に掲載されることになりました！
札幌拠点に出張でした。札幌ドームを見ながら仕事しました。
もともと機構の土地だったんだって。
BC at Mt. Naeba！6時間のハイク！そこに待っていたのは最高の斜面！そして吹っ飛ぶ！力を抜けば無傷！
BC at Hakkaisan！南岸低気圧最高！パウダーは金で買え！
滑った後に国際会議はつらすぎる。
Patrick Keelingが日本に来ていたので筑波大の計算科学研究センターでセミナーをしてくれました。
遅れていったからサンゴの話しか聞けなかった。
BC at Kagura！The day！
科研費は通らなかったけどな！呪われてる……
某雑誌にPUPA論文を投稿したぞ！
すぐEditor kickだ！僕は呪われてる……
恒例の北海道遠征に行きました！雪がない！膝の肉離れ！！
当ユニットにインターン生が2か月来ます。
無事に2か月のインターンシップが終わりました。僕の土のDNAの解析を手伝ってもらいました。
多分ノロわれました
（調子に乗って生牡蠣を5個食べた）
TomášのNegreriaの論文がMPEにアクセプトされました！
白馬に行ってきました。
うちゅうさいこう！やっと白馬のJAPOWを堪能できた（前シーズンのBCは雨だった。）
今年もがんばるぞい！まずはSRTシリーズの1つをやっつけるぞ！あと、土のやつ。
八甲田に行ってきました。
雪が降りすぎてバックカントリーで緩斜面は滑れず雪中行軍になったｗ
2年ぶりに長野県の某温泉地域で微生物マットのサンプリング。
今度はちゃんと水質計を持っていきました。
とうとうProtist ADAR論文が受理されました！
初投稿から2年くらいかかった……
第57回日本原生生物学会に参加して発表しました。
山口のローカルチェーンどんどんの肉うどんはとても良かった。あと湯田温泉。
そして正式に日本原生生物学会の庶務になりました。
帯広にサンプリングしに行きました。
意外と寒くなかった。ずっとカレーのインデアンのターン！
遊びで釧路湿原に来ました。イトウを今度は釣りたい！
APCOPに参加しました。ブリスベン大学！
会議の最中、発熱しました。解熱鎮痛剤がブリスベンは安くて助かりました。
日本微生物生態学会第37回大会に参加しました。
新しい仕事をしようと思って勉強に行きました。どこで食べてもお好み焼きがおいしいことがわかりました。
第8回日本共生生物学会を開催しました。
一応口頭発表もしました。疲れたぜ。
NGSワークショップをやりました。
1日目の講師だったのですが、あんまり考えずにRのパッケージをConda経由で入れるようにしたら、Condaが死ぬというエグい事態に陥り困りました笑
第83回日本寄生虫学会東日本支部大会・第75回日本衛生動物学会東日本支部大会 の「マラリアをとりまく異分野融合の成果」のシンポジストとしてお呼ばれされました。
マラリアとほとんど関係ない話しました笑
奄美大島にいってきました。奄美医科学研究シンポジウムのシンポジストとしてお呼ばれされたのです。
全然、医科学とは関係ない話しました笑
あとは、奄美をぐるぐる回ってサンプリングもしました。
ゴキブリは見つけられなかったけど。鶏飯がめっちゃうまいのと、奄美では飲んだ締めはカツ丼を食います。
最高でした。
Dinotom オートファジー論文がProtistにアクセプトされました！
ひさびさのうずべん論文！タイトルは”Dinotoms possess two evolutionary distinct autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems ”です。
Dinotomの共生珪藻にもオートファジー機能が残存していることを配列解析から明らかにしました。
某誌にウェットの実験してないからダメ！ってEditor kickくらってキレ散らかしてから半年。めっちゃ時間かかった。
秋田県立大学からインターンシップを受け入れています。
いろいろあって初めてJAICAに遊びに行きました。
農研機構芽室拠点でサンプリングです。帯広なう。インデアンカレー最高！
なお、予定通り帰京できるかは不明（伊勢湾台風以来の台風がきてるため：台風１０号サンサン）。
追記：無事に東京に帰れました。
慶應義塾大学で夏期スクーリングの授業を担当しています。
主に分子系統解析と真核生物の進化についての講義をしています。
しかも文系クラスで！わりとわかりにくいと思うけど、なんとなくすげーなと思っていただければいいかな。
赤痢アメーバのアーキアタイプFADシンターゼに関する論文がmSphereに受理されました！
僕は主に分子系統解析を担当しました。
赤痢アメーバにはアーキアタイプのFADシンターゼがあることを分子系統解析で明らかにし、その機能について議論した内容です。
原核のアーキアタイプなので、ドラッグターゲットになるポテンシャルを持っています。
メキシコに行ってきました。SMBEに参加とJesus教授と打ち合わせでした。
メキシコは7年ぶり。SMBEは前回（SMBE Kyoto）参加から13年ぶり。
やっぱ大体集団遺伝学とか生態学がメインで個人的にはあんまりおもしろくなかった。
初日に食べたタコスのハラペーニョのせいで？ずっと腹痛くて、厳しい学会だった…
ベトナム寝台列車縦断の旅をしてきました。
ハノイからホーチミンまで寝台列車にのり途中下車していくという旅。
寝台列車には食堂車や移動販売もあり、水洗トイレもついててとても快適でした。
ダナンでのサーフィンもとても良かった。
筑波大学の先端生物学セミナーをやってきたぞ。
ついに、セミナーする側になるとは、感慨深い。
うずべん論文がマイナーリビジョンで帰ってきたぞ！（8日前に）Gmailのメインにメール来なくて気づかなかったわ。
頭痛が激しく、MRIをとってきました。
頭痛はラトケ嚢胞によるものと考えられ、とりあえず大事には至らないので、経過観察ということになりました。
健康優良脳みそ認定されました。
うずべん論文を投稿したぞ！(4回目)
うずべん論文を投稿したぞ！(3回目)
うずべん論文を投稿したぞ！(2回目)
うずべん論がリジェクトされたぞ！
ウェットの実験してないからダメーってなんだよ、それ！書いとけよ！
うずべん論文を投稿したぞ！
明治神宮野球場で野球をしてきました！
めちゃめちゃ楽しかった！
筑波大の後輩の原田くんの“Encyclopaedia of family A DNA polymerases localized in organelles: Evolutionary contribution of bacteria including the proto-mitochondrion”が、Molecular Biology and Evolution誌に掲載決定しました！
39度の熱が4日続き、やっとすべてが収まってきました。
そう、インフルエンザです。
最高に滑り出しの悪い2024年です。これに負けず、頑張ります。
母校である筑波大学附属高等学校で自身のキャリアに関してのセミナーを行いました。
私の高校の恩師（ラグビー部の顧問）から基礎研究者のキャリアに関するトークをしてほしいとの依頼があり実現しました。
いわゆる総合的な授業の一環です。とはいえ、参加は自由だったので10人くらいの参加者でしたのでゆるくいい感じにできたと思います。
生存者バイアスかもしれないけど、まーいいかなと思いつつ自分をケーススタディの一つとして伝えられたかなと思っています。
札幌軒はがっつりしててよかったです。
ムーンショット型研究開発事業の報告会に出席しました。
私は農研機構に移籍後からムーンショットの「サイバーフィジカルシステムを利用した作物強靭化による食料リスクゼロの実現」に参画しているので、それに参加しました。
ひさしぶりの東大でしたが、弥生ホールは初めてでした。おしゃれなアーキテクチャですが、げろほど暖房効率がいいのか、めちゃめちゃ暑くて死にかけました。
織恩、ピグにランチで行けてよかったです。
日本共生生物学会に出席しました。久しぶりの単独開催でした。秋の京都は暖かく紅葉はまだでした。ただ朝晩の冷え込みはなかなかでしたが、後輩のHRDくんは短パンでした。見習わなければ。第一旭、ハイライト、天下一品本店をめぐることができたので、次回京都に行くことがあったら二郎京都店をクリアしようと思います。あと、日本共生生物学会の理事になりました。
日本原生生物学会に出席しました。本大会は日本原生生物学会、東日本寄生虫学会、東日本衛生動物学会の3学会合同開催でした。僕が座長したセクションはなんとかプラマイ0にしましたが、トータル90分押したのは初めてでした。懇親会が21時スタートってｗｗｗ
バイオインフォマティクス講習のお手伝いをしました。意外と階層構造とかを知らないんだなという感想。
29日から2週間行く予定の中国出張が先方の事情で2日前にキャンセルになりました…。一方で、後輩の久米くんが書いた論文"Transcriptome Data Sets of Free-living Diplomonads, Trepomonas sp. and Hexamita sp.”がMicrobiology Resource Announcements誌に受理されました！
帯広に出張してきました。やはりカレーのインデアン。最高だった。
例のあれを提出しました。2本書いたから辛い。
休暇でインドのニューデリーとラダックを周遊してきました。ラダックは標高3,000mを超える高地で、トレッキングしたコースの最高地は4,900ｍでした。高山病に余裕でなり、頭の痛さを薬でどうにかするという日常でした笑。スノーレパード、マーモット、ブルーシープを見れたのはとてもいい思い出です。
Jeffさんのソバ論文がNature Plantsで公開されました！ついに僕もNature ○○持ちに！（4番目だけど）プレスリリースもしました。
台湾を周遊しました。完全に遊びです。野球を見たり、日月潭にいったり、彰化車庫見たり、飯をくったり、飯をくったり、飯をくったり、飯をくったり、飯をくったり、飯をくったり・・・しました。やっぱうまいっすね、台湾FOODs！
Jeffさんのソバ論文がNature Plantsに受理されました！理研在籍時に参画させてもらったプロジェクトで、僕はPhylogenyの部分を担当させてもらいました。
朝倉書店から「原生生物学事典」が出版されました。原生生物学の現時点でのあれこれが網羅されてます。2019年から足掛け4年。編集めっちゃ大変でした。
36歳になりました。嬉しいことに、BMC biologyに投稿していた論文がアクセプトされて公開されました。"Recent expansion of metabolic versatility in Diplonema papillatum, the model species of a highly speciose group of marine eukaryotes”というタイトルでDiplonemaの核ゲノムを決めた論文です。僕はいわき医療創生大学の奈良先生とともにDiplonemaのDNAを株から抽出してシーケンスデータにすることなどを担当しました。
打ち合わせで京大（東京）に行きました。新丸ビルの10階に京大のオフィスがあるんですね。東京駅を一望できました。
農研機構の研修を受けてました。さすがに、新卒と同じ研修を受けるのはきつかったです。研究はストップしてるし。
本日から農研機構高度分析研究センターゲノム情報大規模解析ユニットの研究員に着任しました。いろいろな面でトラブって初日からげろげろでした（笑）通勤経路に上横場があることに気付きました。そこには学生時代に足しげく通った明神角ふじがあります（太りそう）
3年間お世話になった理研iTHEMSを退職しました。いわゆる新型コロナの蔓延とともに着任し、ある程度騒動が終焉を迎えつつある中で退職と、新型コロナとともにあった 3年間でした。
富山大出張と寄生虫学会（談話会）参加のために富山ー金沢の北陸を周遊してきました。何でもかんでもとっても美味しかったです。金沢カレー（今回はターバンカレー）は安定の美味さ。そして、初めて金沢B級グルメのハントンライスを食べました。エビフライとマグロカツとオムライスのマリアージュはとても素敵なものでした。
新学術領域ヤポネシアゲノムの会議に参加しています。会場は那覇市の自治会館です。2月で20度を超えるので、半袖半ズボンで参加してますが、さすがにそのスタイルは僕だけのようです（笑）
九州大学にあるSUURI-COOLに来ています。ここは僕の所属するiTHEMSの出張所みたいなところです。
今年も完全に遊びで富良野と札幌に行きました。札幌では、共同研究をしている学生の所属ラボにお邪魔させていただき、主催されている先生にご挨拶させていただきました。中岡先生、お忙しい中、素敵なお話ありがとうございました。南米周遊とかめっちゃうらやましかったですｗ
あけましておめでとうございます。まだ論文化してないデータがあるので、今年もなるだけ吐き出したいと思います。
2018年の海洋調査以来のサンプリングに行ってきました！場所は長野県の某温泉。野生を気にしながらバイオマットを採るお仕事。昼飯はソバ＆そば＆蕎麦！
Frontiers in Ecology and Evolution誌に投稿していた論文が受理されました！タイトルは"Microheliella maris possesses the most gene-rich mitochondrial genome in Diaphoretickes. "です。M. marisのミトコンドリアゲノムを決定して、Pancryptista、CAM cladeそしてDiaphoretickesでのミトコンドリアゲノム進化について議論しています。割とすんなりいくやろと思っていましたが、微妙に手間取りました。
日本藻類学会の和文誌「藻類」の藻類学最前線というセクションで「Microheliella marisが繋ぐクリプチスタと一次植物の絆」の掲載が決まりました！これは2022年4月13日にOpen Biology誌に掲載されたMicroheliellaの分子系統学的研究（10.1098/rsob.21.0376）に関しての解説記事です。
第6回日本共生生物学会＠東京医科歯科大学（東日本寄生虫学会との共同開催）に参加しています。1日目に久々の対面での口頭発表と人生初の座長を務めました（毎月PPEで座長的なことはしてたけど）。
EMBLに海外学振で留学中の田村君と仕事の打ち合わせをバルセロナ市内で行いました。なかなか有意義な時間だった。海外研究生活の実情（プラス面もマイナス面も）をいろいろ聞けたのも良かったです。サクラダ・ファミリアはもう少しで完成しそうでした。
3年ぶりの海外出張で、EMBOのWorkshopのComparative genomics of unicellular eukaryotes: Interactions and symbiosesに参加してきました。スペインのバルセロナから100kmほど東の海沿いのリゾートで5日間缶詰のWorkshop。到着した日の19時からセッションがあって、21時から夕飯、次の日からは朝8：30にセッションスタートして20時に終わるというなかなかハードなWorkshopでした。久しぶりにProtistlogist仲間に会えて楽しかったし、いろいろと進んでいたり、全然進んでいなかったりと、いまのProtistlogyがどんな状況なのか把握できて非常に良かった。やっぱり年1回くらいは世界のProtistlogistと会っておきたいなと思いました。昼からワイン出るWorkshopは結構ヘビーじゃね？と思ったり、前触れもなくキングサイズのベットを共有しなくてはならなかったり（相部屋だった）、なかなかの珍道中でした。あと、やっぱりフライトが10時間超えるとつらい。世界情勢が落ち着いて北回り経路が早く使えるようになることを願いたい。
第55回日本原生生物学会に来ています。1日目の昼に友人から進められた他力也でラーメンを食べたのですが、ちょっと大盛にしすぎて、午後のセッションはいささかきつかったです（味は近年いった二郎系の中では、僕の中で最上位）。
日本進化学会第24回沼津大会に来ています。ついに念願の"さわやか"に行きました！
"Comparative plastid genomics of green-colored dinoflagellates unveils parallel genome compaction and RNA editing"がFrontiers in Plant Science誌に受理されました！です。2020年にProc. Nat. Acad. Sci.でも取り扱った緑色渦鞭毛藻TGD株とMGD株の葉緑体ゲノムを解読し、さらに緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumの葉緑体ゲノムと合わせて葉緑体ゲノムがどのように進化してきたかを議論しています。僕は4th Authorとして参加して分子系統解析などを担当しました。
新学術領域ヤポネシアゲノムの会議に参加してきました。苫小牧に初めてきましたが、ホッキカレーがなかなか美味しかったです。
35歳になりました。健康を意識したいです。
数理で読み解く科学の世界2022に登壇させてもらいました！「（系統的に）迷子の生物を救いたいー分子系統学者になったライフセーバーー」というタイトルで中高生向けに私の仕事や分野、さらに私が研究者になるまでの話を講演させてもらいました。Onlineなのでウケていたかどうかわからないけれど、私のトークが中高生の進路を考えるうえで多少なりと材料になったらいいなと思ってます。
昨日三回目のワクチン接種を受けた。熱もなくすごく辛くは無いけど、だるいし、肩は痛いし、頭は痛い。
Autophagy誌に受理された"Evolutionary diversification of the autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems"が公開されました。いろいろありましたが、自分の東大時代の成果が出てよかったです。
Open Biologyの論文に関してプレスリリースしました！いろいろあって本日になりました。https://www.jamstec.go.jp/j/about/press_release/20220415/
Open biology誌に受理された"The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris." が公開されました。意味わからんメールのためいろいろ錯綜しましたが、ひとまず公開されてよかった。これからはPancryptistaとCAM cladeを使っていきましょう！
昨年末投稿の論文がAutophagy誌に受理されました！タイトルは"Evolutionary diversification of the autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems"です。東大時代の僕のお仕事をZhangさんが引き継いで完成させてくれました。Autophagy関連遺伝子がどれほど真核生物全体で保存されているのかを議論しています。多くの真核生物トランスクリプトームをアセンブルしまくって、BLASTまつりをしたのは良い思い出です。なお、矢崎は本論文で2nd authorです。
昨年末に投稿した論文がOpen biology誌に受理されました！タイトルは"The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris." です。スタートはみなしご生物であるMicroheliella marisの系統的位置を決めたという研究ですが、M. marisやRhodelphisなどのみなしご生物のタクソンサンプリングのアップデートに伴ってArchaeplastidaの単系統性とその近縁系統がCryptistaであることが明らかになり、Archaeplastidaを含むMega clade “CAM clade”を提唱するに至りました。そのうえで、“Archaeplastidaが単系統とならない”というEukaryotic phylogenyの大きな問題の原因を、細かい分子系統解析を積み重ねることでCryptophyceaeが持つ遺伝的シグナルであることを突き止めました。昨年8月に某Cell系雑誌に投稿してからトータル5誌に蹴られてやっとたどり着けました。なかなかしんどかった...
あけましておめでとうございます。新年早々引っ越しです。
オンライン開催しているACOP-IVのシンポジウムで話してきました。"Microheriella maris unites Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics"というタイトルで、先日bioRixvに上げた論文の内容です。初の国際学会招待講演！
例のワクチンの2回目を打ちました。前回はそれなりに具合が悪くなったので、今回はそれがないことを祈りたい。
※追記：頭痛、肩痛とだるさはありましたが、特にほかの症状はなくワクチン接種から2日後には治まりました。
例のワクチンを打ちました。とりあえずその日は具合悪くなりませんでした。そのまま特に具合悪くならないことを祈りたい。
※追記：その後2日間、MAX37.5度の熱と倦怠感が続きました。それなりにつらかった。
先日投稿した論文はbioRxivでは公開されました。Microheliella marisの系統的位置をPhylogenomicsで明らかにし、さらに長年あやふやだったArchaeplastidaとCryptistaの関係性の問題に終止符を打ちました。系統解析をベースとした細かい検証を追加でやったのが結構大変でした。
今年2報目の論文をCell系の某雑誌に投稿した。bioRixvにも投稿した。bioRxivの方はもう少ししたら公開されると思う。投稿するときに思うけど、Journalの投稿規定と投稿フォームが異なってることがあって、投稿するときにはじめて気づくことがままある。その場で対処できるのが大半だけど、お支払いに関することととかを聞かれるのはちょっと困るなと思いました。あと、今回のProofのPDFが1000枚超えでした（Excelで作ったSupplyのTableのせい）。
東京大学での2回の講義を終えました。いろいろ反省はありますが、とりあえず、終わってよかった。出席の代わりにコメントや質問を提出してもらうスタイルなのですが、ちゃんと聞いてくれて理解してくれてるから出るものが多かったので少し安心しました。質問に対しての回答を作成しなくては。
東京大学で”人生初めての講義”をしました。ZOOMだったので、実際には現地には行ってはいないです。90分間何も反応が見えないところにしゃべり続けるのはつらい。来週もあるので、準備をしなくては。
34歳になりました。
“Signs of the plastid: Enzymes involved in plastid-localized metabolic pathways in a eugregarine species ”が公開されました。
まだProofの確認中なんだけどｗ
※追記：Pre Proofでも公開するということもあるみたいです。初めて知った。
https://doi.org/10.1016/j.parint.2021.102364
※筑波大学からプレスリリースしました！
https://www.tsukuba.ac.jp/journal/biology-environment/20210510140000.html
私が主に運営しています原生生物・寄生虫・進化セミナーは第90回日本寄生虫学会 第32回日本臨床寄生虫学会 合同大会の原生生物学･共生生物学談話会とコラボセミナーを開催しました。僕が博士前期課程からお世話になっている京都大学の神川先生とPPEセミナーでいつもお世話になっている法政大学の植木先生に講演してもらいました。オンラインともあってめっちゃ人が入ってよかったです。
私が共同筆頭著者となっている論文"Signs of the plastid: Enzymes involved in plastid-localized metabolic pathways in a eugregarine species "がParasitology International誌に掲載されることが決まりました。
この論文では陸域の節足動物（ムカデとヤスデ）の消化管から単離した単細胞真核生物の大規模配列データを基に行った大規模分子系統解析によって、これら生物が人獣病原性寄生虫で有名なアピコンプレクサに近縁なGregarine（広義ではアピコンプレクサに含まれる）に位置していることを示しました。さらに配列解析によってこれらの生物が葉緑体機能遺伝子を複数持つことを明らかにし、寄生虫でありながら葉緑体を保持していることを示唆し、アピコンプレクサにおける新たな葉緑体進化に関して議論しています。なんだかんだありましたが、受理されてよかった。
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いいたします。
日本原生生物学会奨励賞受賞に対して感謝状をRIKENからいただきました。受賞者と理事長とのZoom面談でした。
日本原生生物学会奨励賞を記念してRIKENで写真撮影してもらいました。
https://ithems.riken.jp/ja/news/dr-yuki-yazaki-received-2020-encouragement-award-young-protistologists
今日からJSP/KSOP Joint Online Meeting Kobe2020に参加しています。オンライン開催となり、自宅からの参加。それと、総会の後に日本原生生物学会奨励賞の授賞式してもらいました。
投稿直前にいろいろあたふたしたけれども、なんとかなってよかった。
文化の日に神田明神で結婚式を挙げました。天気予報では午前中雨予報でしたが、なんとか雨も朝方にあがり、雨に降られることもなく式を挙げることができました。50名近い方々が参列に来てくださり、私達を祝ってくださいました。みなさま、ありがとうございます。夫婦ともども、研究も含めて精進していまいります。
日本原生生物学会奨励賞をいただきました。皆様の多大なる尽力があったからにほかなりません。これにおごらず、研究、学会活動に頑張っていきます。本来は日本原生生物学会の年大会で受賞が発表されるのですが、COVID19の影響で11月に延期されたため、延期前の年大会の日程で受賞となりました。
"Barthelonids represent a deep-branching metamonad clade with mitochondrion-related organelles predicted to generate no ATP”が、Proceedings of the Royal Society B誌で公開されました（00.01 BST公開なので公開されてるはずなのに、HPに出てない！！※追記：17時くらいに確認したら公開されてました！https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2020.1538）。また、本研究は筑波大学からプレスリリースされました https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/release200902/
"Barthelonids represent a deep-branching metamonad clade with mitochondrion-related organelles predicted to generate no ATP”が、Proceedings of the Royal Society B誌 に掲載されることが決定しました。本論文は去年の秋にbioRixvにデポジットしていた論文で、それなりに内容はアップデートされています。系統的帰属の不明であったBarthelonaの株をパラオを始めとした複数の海水域の嫌気性泥のサンプルから単離・確立し、培養株から取得した大規模配列データをもとに、その系統的位置とミトコンドリア関連オルガネラ（MRO）の機能を推定しました。BarthelonaはFornicataの基部から分岐しており、MROでのATP代謝を失った代わりに細胞質内でのリン酸化によるATP代謝を行っている可能性を報告しました。自身の博士後期課程での成果の一つです。
bioRixvにデポジットしてある嫌気性プロティストの論文を某雑誌に再々投稿した。文字数が半ページ分オーバーしてると言われてめっちゃ焦った。レフェリーに言われたこと足したらオーバーしてしまったのだ。制限に合わせて論文を作るのは難しいです。
大安なので結婚しました。婚姻届けを提出したけど、時間外なので、まだ受理はされてません。正式に受理されるとこの日が結婚した日になります。
※追記：正式に受理されたので、結婚しました。
33歳になりました。ゾロ目。
iTHEMSでZOOMを用いて公開（？）セミナーをしました。タイトルは"Analyses of large-scale sequence data from “PROTIST” can reveal the eukaryotic phylogeny and evolution."で、主に僕のこれまでにやってきた原生生物を対象とした大規模分子系統解析について話しました。聴衆の多くが生物学がバックグラウンドではない人たちなので、かなり大変でした。
リンク：https://ithems.riken.jp/ja/events/analyses-large-scale-sequence-data-protist-can-reveal-eukaryotic-phylogeny-and-evolution
初めてオンラインセミナー（原生生物・寄生虫・進化セミナー）をオーガナイズしました。正直、ひとりで全部やると何も話聞けないですね...たぶん、司会だけなら全然余裕な気がしましたが、他の部分も含めてすべて同時にやるのは無理がありました。
今日から、理化学研究所数理創造プログラム（iTHEMS）に着任しました。和光市への通勤ですが、SARS CoV2の影響で今後どうなることになるか全くわかりません...
1年7か月勤めた東大を辞めました。最後の方はひたすら有給消化でした（SARS CoV2の影響でインド旅行に行けませんでした）。
先日、Proceedings of the National Academy of Sciences誌に掲載されることが決まった"Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis."が筑波大、国立科学博物館、東北大からプレスリリースされました。リンク：https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/release-20200228/
"Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis."が、Proceedings of the National Academy of Sciences誌に掲載されることが決定しました。本論文で記載した共生藻の縮退核（ヌクレオモルフ）を持つ２種の渦鞭毛藻において、オルガネラ化に重要な役割を果たすと考えられるendosymbiotic gene transferの初期段階に相当する遺伝子群を発見したこと報告しています。クロララクニオン藻とクリプト藻についで、ヌクレオモルフ持つ生物はこれら２種の渦鞭毛藻が3系統目です。僕はこの2種が渦鞭毛藻系統の中でどのような系統に位置するかをMulti-gene phylogenyで推測するという部分などを担当しました。リンク：https://www.pnas.org/content/early/2020/02/21/1911884117
真核生物の高次分類体系を整理したAdl et al., 2019に関して、Adl et al., 2012からの7年間でどのような分類体系の改訂があったのかなどの背景を解説した総説「真核生物の高次分類体系の改訂—Adl et al. (2019)について—」が日本動物分類学会和文誌タクサに受理されました。はじめてのそうせつ。
The 9th International Symposium on Autophagyに参加するために台湾に来ました。そこまで暑くもなく寒くもなくって感じです。初日に台北市中央あたりから会場まで2時間くらい歩きましたが、どこもかしこも日本のチェーン店がはびこってて、なんだか外国に来てないような気になる瞬間が多いです。でも、漢字だけで書かれている看板を見ると、やっぱり中華圏にいるんだなと強く意識させられます。
僕の博士研究の一部をまとめた論文をbioRxivに公開しました。これまで形態データしかなく、系統的帰属が不明であった真核微生物Barthelonaの系統的位置を大規模分子系統解析で解明しました。さらに、ミトコンドリア関連オルガネラの機能を推定した結果、フォルニカータ生物におけるATP合成の進化がより複雑であることを示しました。"Barthelonids represent a deep-branching Metamonad clade with mitochondrion-related organelles generating no ATP"というタイトルです。リンク：http://biorxiv.org/cgi/content/short/805762v1
茨城大学で開催された第52回日本原生生物学会に参加してきました。今回は若手の会の企画への参加とシンポジウムで招待講演でした。若手の会ではキャリアセミナーと銘打って、パネルディスカッション形式でのアカデミックキャリアパスを議論するセミナーを主催しました。学生とかに参考になればいいな。シンポジウムでは「ゼロから始める大規模分子系統解析」とうタイトルで発表しました。割と質問も出て、個人的には有意義な発表ができたと思います。
パシフィコ横浜で開催された第92回生化学会に参加してきました。「ATG12-ATG5における非共有結合非依存化の普遍性について」というタイトルでポスターと口頭両方で発表しました。初めて2タイプの発表をしたのですが、なかなか準備が大変でした。
イタリア、ローマで開催されたECOP2019に参加してきました。"Evolutionarily distinct gene-sets for autophagosome formation in dinoflagellates harboring endosymbiotic diatoms"というタイトルでポスター発表してきました。初めての時差ぼけを体験して、すごい眠いし体調悪いしという学会でした。ヴァチカンのサンピエトロ大聖堂の上まで登るという苦行に見合うだけの眺めとジェラートの味（ジェラートはおりてから市内で食べた）。
プライベートでマレーシアはクアラルンプールに1泊3日の強行日程で周遊してきました。金曜日の深夜発土曜日の朝着、日曜日の昼発日曜日の夜着の旅程でした。マレーシア観光をはじめてまともにしました。3回目のクアラルンプールで結構道になれたのと、Grabのおかげでスムーズに見て回れました。ムスリムではないですが、大きいモスクはいいですね。
第6回関東プロティスト倶楽部をオーガナイズしました。40人くらい人が集まり、様々な議論ができました。とりあえず、単独のちょっとした研究会がうまくいってよかった。
日本原生生物学会若手海外研究発表助成を頂くことになりました。これで、とりあえず、ローマに行けそう。
第11回オートファジー研究会でポスター発表をしました。「オートファジーの普遍性の検証～オピストコンタとその近縁系統について～」でした。場所はつま恋リゾート掛川。温泉付きのリゾートでした。温泉ばっかりはいっていました（笑）
法政大学市ヶ谷キャンパスで原生生物・寄生虫・進化セミナー（PPEセミナー）をやりました。「進化ー原生生物 大規模分子データが炙り出す進化の道筋」で発表しました。
島根大学で日本原生生物学会第51回大会に参加してきました。「渦鞭毛藻細胞内共生珪藻にもオートファジーはあるのか？！」というタイトルで口頭発表しました。なんと、新参者なのに若手の会会長に就任しました。
東京大学医学部医学研究科ERATO特任研究員になりました。東京にもどってきました！満員電車やばい！
本日付けで筑波大を退職しました。10年5か月住んだつくばを離れます。
進化学会で東京大学駒場キャンパスにいました。共同研究者でM１の上原くんが「オピストコンタおよび近縁系統におけるオートファジー関連遺伝子の網羅的探索」で発表を行いました。東京も灼熱地獄。
JAMSTECの調査船みらいに乗船し、調査航海に参加しました。清水で乗船、チュークで下船。予定通り、下船できましたが、フライトキャンセルがありチュークでスタックしました。ダイビングなしのチュークは結構しんどいですｗ
筑波大学計算科学研究センターで毎週金曜日に行われているプレミアムフライデーセミナーでサンプリングについてお話しました。タイトルは「珍種を求めて辺境へ」でした。（タイトルは某書籍のパク…オマージュです。）
ISEP2018に参加するためにキプロスに来ています。私は"Mitochondrial genome of strain SRT308: insights into structure and gene content of the ancestral euglenozoan mitochondrial genome."というタイトルで口頭発表を行いました。キプロスは飯もうまいし、海はきれい。だけど会場は山の上でなにもなし。
31歳になったのでバスキンロビンスの31アイスを当日食べました。
筑波大学の下田臨海センターで調査をおこないました。つくば2はすごい船。
矢崎が参画しているERATO水島細胞内分解ダイナミクスプロジェクトのミーティングで東京大学にきました。筑波大関係者多すぎｗ
矢崎も著者に入っているチェコ共和国Ostrave大学のMarek Eliáš 博士の"Extensive molecular tinkering in the evolution of the membrane attachment mode of the Rheb GTPase"がScientific report誌に掲載されることが決定されました！チェコ、カナダ、ロシア、イギリス、日本の共同研究です。
第87回日本寄生虫学会のサテライトミーティング 第2回 原生生物学･共生生物学談話会にきました。国立医療センターの研修棟ではなく研修センター。
琉球大学瀬底臨海研究センターをお借りして、そこを拠点にサンプリングしています。施設の目の前の海が半端なくきれい。
Karenia属渦鞭毛藻において、共生体由来の葉緑体型GAPDH遺伝子が宿主由来の葉緑体型GAPDH遺伝子と入れ替わる過程を提唱した "Fates of evolutionarily distinct, plastid-type glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase genes in kareniacean dinoflagellates" が、Journal of Eukaryotic Microbiologyにアクセプトされました。僕の修士課程での仕事です。リンク：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jeu.12512
マレーシアはクアラルンプールとランカウイ島でサンプリングしてきました。2回目のマレーシアにて飯は値段は量じゃなくて種類数に依存することを確認。
プライベートでベトナムはハノイ、フエ、ホイアンを周遊しました。今年もよろしくお願いいたします。
日本原生生物学会、日本共生学会のジョイントミーティングに参加しました。「ユーグレノゾア基部から分岐する新奇原生生物のミトコンドリアゲノム」というタイトルでした。BPAになぜ選ばれない！くやしい！
パラオ共和国へサンプリングしにいってました。崖、崖、崖 and 崖。
筑波大学計算科学研究センター設立25周年記念シンポジウム－計算科学の発展と将来－でショートトークを行いました。タイトルは「新奇真核微生物SRT605の系統的位置：多細胞生物・菌類を縫合する大系統群オピストコンタの原始系統か？」でした。90秒のフラッシュトークは早すぎ。
イスラエル、Ein Gediで開催されているMitochondrial Genomics and Evolutionに参加しました。"MITOCHONDRIAL GENOME OF A PROTIST BRANCHED AT THE BASE OF EUGLENOZOA"のタイトルでポスター発表しました。安息日という旅行者に対するハードモード。
日本進化学会第19回大会で京都大学にいきました。「新奇ヘテロロボサ生物SRT213における縮退的ミトコンドリア機能の推測」という演題で口頭発表しました。発表5分前で演者除いて観客1人でかなりそわそわした。
チェコのプラハで開催中の15th International Congress of Protistologyに参加してます。本学会では自身のポスター発表"A heterolobosean strain SRT213 and the putative function of its mitochondrion-related organelle"以外に4題の発表にcontributeしています。人生初の飛行機乗り継ぎできずとLost luggageを経験！
筑波大学生命環境系、生命の樹プロジェクトの研究員となりました。生活はほぼ変わりません。
遺伝研で行われているGenome Evolution at Mishimaに参加しています。ポスター発表を行いました。タイトルは"153 genes phylogenetic analysis indicated a newly single-celled eukaryote, strain SRT308, as a deep-branching Euglenozoan."です。三島駅からの無料シャトルが便利。
筑波大学大学院生命環境科学研究科生物科学博士後期課程を修了し、博士（理学）となりました。研究科長、専攻長表彰をいただきました。
計算科学研究センターのデスクを引っ越しました。2階の新棟に移動しました。トイレが遠いです。
プライベートでメキシコシティ、メリダ、カンクンを周遊しました。帰国後腹痛と下痢に見舞われました。
石垣島と西表島でサンプリングをしてきました。基本的に雨でした。
年末にアクセプトされましたKinetoplasteaの論文がGenes & Genetic Systems誌で出版されました。タイトルは"Global Kinetoplastea phylogeny inferred from a large-scale multigene alignment including parasitic species for better understanding transitions from a free-living to a parasitic lifestyle.”です。はじめてのろんぶん。リンク：https://www.jstage.jst.go.jp/article/ggs/advpub/0/advpub_16-00056/_article/-char/ja/
平成28年度 生物科学専攻 博士論文最終審査会(本審査会)行われ無事合格しました。論文のタイトルは
“Large-scale, Multi-gene Phylogenetic Analyses of Previously Overlooked Microeukaryotes: Toward Better Understanding of the Evolution and Diversity of Eukaryotes”
「 大規模分子系統解析による新規単細胞真核生物の系統的位置の解明:真核生物の進化と多様性の解明に向けて」
でした。すごい早口で喋った。
筑波大計算科学研究センターで行われた第113回計算科学コロキウムにおいて「大規模分子データに基づく新奇真核生物の系統的位置の推測」というタイトルで発表を行いました。会議室Dの場所が難解。
キネトプラスチダ綱における系統関係の再検証と、それに伴い寄生能獲得が何回起こったかを考察した"Global Kinetoplastea phylogeny inferred from a large-scale, multi-gene alignment including prasitic species and transitions from free-living to a parasitic lifestyle"が、Genes & Genetic Systems誌にアクセプトされました。いろんな人のご助力のおかげです。
International Colloquium of Endocytobiology and Symbiosis 2016 （京都府立大学稲森記念会館）に参加しました。ポスター発表しました。Banquetはおしゃれでした。あと、伊藤若冲展を見に行きました。
日本進化学会第18回大会（東工大大岡山キャンパス）に参加しました。ワークショップ「プロティストワールド～アプローチの多様化がもたらすもの～」で初の招待講演でした。すごい緊張した。
マレーシアにサンプリングに行きました。カレー的なものがおいしい。