Könet hos individen kan bestämmas på många olika sätt. De facto så är ju begreppet "kön" något som är en mänsklig konstruktion och i naturen finns egentligen inga tydliga gränser mellan "hanar" och honor". Människan har bestämt att individer som producerar spermier kallas hanar och individer som producerar äggceller kallas honor. I och med denna linjedragning gör vi det besvärligt för oss då det i naturen finns massor med arter vars individer kan producera av bägge sorter, antingen enligt stundens behov eller samtidigt. Indivier kan dessutom växla kön.
Hos däggdjuren bestämmer den "manliga" Y-kromosomen könet. Om man inte har den i sin kromosomuppsättning är man en man. Men nu är det så att man inte behöver hela Y-kromosomen för att vara en "man", det räcker med en liten del i kromosomens ena ända. Denna del kallas för SRY. Och eftersom vi vet att det i meiosen kan ske utbyten av delar mellan kromosomerna i ett par (överkorsning) förstår vi också att det då också händer att den lilla SRY-delen flyttar över från Y- till X-kromosomen. Och vips, ifall denna muterade spermie befruktar en äggcell blir resultatet efter några veckor ett foster med könskromosomerna XX (kvinna) med en SRY-del i sig som gör att det utvecklar manliga könskaraktärer, dvs. testiklar som småningom producerar manligt könshormon. Individen kommer alltså att fungera som en man. Och den andra muterade spermien, som har en Y-kromosom utan lilla SRY, skapar ett "pojkfoster" som dock utvecklar kvinnliga könskörtlar, dvs. en kvinna. Att vi människor sen dessutom har en jaguppfattning och en personlig identitet som delvis bottnar i hur hjärnan reagerar på olika halter av könshormoner etc. så inser vi att begreppet "kön" är synnerligen besvärligt.
Hos däggdjuren är det alltså hanen som har en Y-kromosom, men hos fåglarna är det honan. En del arter har inga könskromosomer alls utan könet bestäms av hur många uppsättningar kromosomer de har. Till exempel hos bin är honorna diploida (dubbel uppsättning 2n) medan hanarna är haploida (enkel uppsättning n). Honorna (arbetarna) utvecklas ur drottningens befruktade äggceller, men hanarna utvecklas ur obefruktade äggceller. En dylik fosterutveckling kallas för partenogenes (jungfrufödsel). Hos vissa arter styrs fosterutvecklingen så starkt av omgivningens temperatur att det påverkar mängden könshormoner i fostret, vilket i sin tur avgör könsutvecklingen.
Gener som sitter på autosomerna nedärvs autosomalt medan gener på könskromosomerna kallas för könsbundna gener och nedärvs könskromosomalt. Då könsbundna gener nedärvs syns resultatet olika beroende på vilket kön avkomman har. En kvinna kan alltså bära på en recessiv allel på den ena X-kromosomen utan att den märks i fenonotypen, medan recessiva alleler på X-kromosomen syns direkt hos mannen. Men naturligtvis finns det också avvikelser från detta, eftersom kvinnans ena X-kromosom alltid inaktiveras i cellerna. Denna inaktivering antas dock ske slumpmässigt, vilket betyder att också dominanta alleler hos heterozygoter kan inaktiveras. På grund av inaktiveringen sägs vara mosaiker, dvs. X-kromosomerna i olika celler beter sig på olika sätt. Sjukdomar som orsakas av gener på X-kromosomen är ofta lindrigare hos kvinnor än hos män.