Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur ditubuhkan setelah satu perjanjian penubuhannya dibuat di antara Kerajaan Persekutan dengan Kerajaan negeri Selangor pada 1hb Februari, 1974. Sehubungan dengan penubuhan Wilayah Persekutuan, Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan (MSWP) pada ketika itu yang dinamakan sebagai Mahkamah Kadi Besar dan Mahkamah Kadi, juga Jawatankuasa Ulangbicara telah ditubuhkan dan dilantik berdasarkan kehendak peruntukan di bawah Seksyen 44(1)(2) dan Seksyen 46(2) Enakmen Pentadbiran Hukum Syarak Negeri Selangor (1952).

Bangunan Sulaiman dan kawasannya telah diwartakan dan dikuatkuasakan sebagai Mahkamah Syariah dalam warta Kerajaan P.U (B) 702. Semenjak ditubuhkan, MSWP telah diletakkan di bawah pentadbiran Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur. Mulai bulan Januari 1992, MSWP telah dipisahkan daripada Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur dan dijadikan sebagai satu bahagian di bawah Jabatan Perdana Menteri.

Pada 15 Oktober 1993, Akta Pentadbiran Undang-undang Islam (Wilayah-wilayah Persekutuan)1993 telah dikuatkuasakan. Ekoran daripada itu, hirarki Mahkamah telah bertukar daripada Mahkamah Kadi kepada Mahkamah Rendah Syariah, Mahkamah Kadi Besar kepada Mahkamah Tinggi Syariah dan Jawatankuasa Ulangbicara kepada Mahkamah Rayuan Syariah.

Bangunan MSWP yang pertama ditempatkan di Dewan Tunku Abdul Rahman, Jalan Ampang, Kuala Lumpur, kemudian berpindah ke Bangunan JKR, Jalan Tun Abdul Razak dan pada tahun 1993 berpindah ke Bangunan Baitulmal, Tingkat 4 dan 5, Jalan Ipoh, Kuala Lumpur.

Pada bulan September 1990, ditempatkan di Bangunan Sulaiman, Jalan Damansara Kuala Lumpur sehinggalah pada 1 Disember 2011, MSWP berpindah ke bangunan baru di Kompleks Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan, Jalan Sri Hartamas, Taman Sri Hartamas, Kuala Lumpur. 

Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Putrajaya telah ditubuhkan sebagai susulan kepada penubuhan Wilayah Persekutuan Putrajaya ekoran termeterai perjanjian antara Kerajaan Persekutuan dan Kerajaan Selangor pada 1 Februari 2001 dan seterusnya diisytiharkan sebagai Pusat Pentadbiran Kerajaan Persekutuan yang baru menggantikan Bandaraya Kuala Lumpur.

Mahkamah Syariah Putrajaya telah melakarkan sejarah negara apabila mula beroperasi sebagai Mahkamah Pertama di Wilayah Putrajaya iaitu pada 1 Oktober 2002. Perluasan pemakaian undang-undang ke Wilayah Persekutuan Putrajaya telah diluluskan pada 1 Februari 2002. Oleh yang demikian, pada 27 Jun 2002 pewartaan Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Putrajaya di bangunan sementara Aras 1, No. 1A, Jalan P9, Presint 9 Putrajaya telah dibuat. Satu lawatan kerja dan pelancaran Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Putrajaya telah disempurnakan oleh Y.B  Menteri di Jabatan Perdana Menteri Brig. Jen (B) Datuk Abdul Hamid b. Zainal Abidin pada 11 Oktober 2002. Mulai 18 Mac 2005 hinggga sekarang, Mahkamah Syariah Putrajaya telah berpindah di bangunan baru iaitu di Bangunan Annexe, Istana Kehakiman, Presint 3, 62506 Putrajaya.

Wilayah Persekutuan Labuan telah 25 tahun terpisah daripada pentadbiran Sabah dan menjadi Wilayah Persekutuan pada 16 April 1984 selepas Kuala Lumpur. Sebelum Labuan diisytiharkan sebagai Wilayah Persekutuan, urusan pentadbiran hal ehwal agama Islam seperti nikah, cerai, ruju' dan juga perkara-perkara yang berkaitan dengan penghakiman dikendalikan oleh pegawai-pegawai dakwah luar dan imam besar yang dilantik oleh Majlis Ugama Sabah (MUIS). Pada ketika itu, jawatan kadi atau hakim masih belum wujud lagi di Labuan.

Setelah Labuan dipisahkan daripada pentadbiran Sabah pada 16 April 1984 dan diisytiharkan sebagai Wilayah Persekutuan, urusan pentadbiran hal ehwal agama Islam telah diambil alih dan diletakkan di bawah Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan (JAWI). Di bawah pentadbiran JAWI, jawatan kadi atau hakim mula diwujudkan di Wilayah Persekutuan Labuan bagi mengendalikan perkara-perkara berkaitan penghakiman sebelum penjawatan ini dipisahkan pada awal bulan Januari 1992.

Pada peringkat awal penubuhannya, Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Labuan telah ditempatkan bangunan yang merupakan tempat beroperasi Majlis Ugama Islam Sabah (MUIS) sejak dari 1 Mac 1980 hingga 14 April 1984. Kemudiannya, Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Labuan ditempatkan di bangunan yang disewa oleh Bahagian Kemajuan Wilayah Persekutuan Cawangan Labuan, Jabatan Perdana Menteri dari tahun 1985 hingga 20 Februari 2000. Bangunan tersebut ditempatkan bersama-sama dengan JAWI Labuan, Jabatan Tanah Labuan dan Mahkamah Anak Negeri Labuan. Kemudian pada 21 Februari 2000, Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Labuan telah beroperasi di tingkat satu bangunan Tabung Haji Labuan yang terletak di Jalan Kesuma sebelum berpindah ke bangunan baru Mahkamah Syariah Wilayah Persekutuan Labuan di Jalan Mustapha pada 9 Oktober 2003.