Los colores utilizados para plasmar la escritura y elaborar las pinturas fueron tanto de origen mineral, vegetal y animal, aunque según historiadores, eran principalmente de origen mineral.
Los aztecas empleaban sobre todo rojo, verde, amarillo, ocre, azul, gris, rosa y morado. La tinta que utilizaban para escribir, que era de color negro, esta se obtenía de un fruto llamado nacazcolotl, de la piedra mineral denominada tlalihiyac o del hollín formado por el humo de las teas que era recogido en unos vasos de barro. De esta forma se conseguían muchas tintas para escribir y en especial una llamada tlilliocotl.
Los mixtecas utilizaban el carbón de leña u hollín para el color negro, mientras que el rojo estaba compuesto de hierro, y los otros colores eran probablemente de origen mineral. La paleta de escriba maya era simple, utilizaban principalmente negro, ocre, azul, amarillo y rojo.
El color blanco, que era de origen mineral, se extraía de la piedra chi maltizcatl después de calcinada o del tizatlalli o tierra recogida para amasar como lodo, que aplicando fuego adquiere ese tono.
El azul o matlalli tenía tanto un origen vegetal como mineral. Mineral, porque se obtenía de la tierra tezatli, y vegetal porque se sacaba de la flor del matlalxihuitl, y del xiuhquilipitzahuac o añil procediendo del siguiente modo: en una vasija de agua caliente se echaba la hoja picada del añil para mezclarla con el agua; después se pasaba a una tinaja donde se dejaba reposar la mezcla hasta que las partes sólidas se fueran al fondo. Como paso siguiente, se vacía el recipiente de agua, dejando el sedimento restante al sol, el cual al cabo de un tiempo era filtrado y, por último, puesto al fuego.
El amarillo, dependiendo de las tonalidades que quisieran conseguir, tenía un origen mineral o vegetal. El amarillo oscuro o anaranjado era resultado de la cocción en agua con "nitro" de las flores del xochipalli; de las flores de la planta zacatlaxcalli, una vez amasadas se obtenía el amarillo claro. Por último, de la piedra llamada tezocohuitl, también se sacaba el color amarillo.
El color rojo, que era uno de los más importantes, se producía de diversas formas y con muchas tonalidades, con un origen animal, vegetal y mineral. La grana o nocheztli procedía de la sangre de la cochinilla. Este color grana mezclado con greda o arcilla arenosa de color gris daba como resultado la grana cenicienta o tlaapalnextli. Con las flores molidas de la planta llamada chiotl alcanzaba un color blanquecino, que cocido en agua y mezclado con el ungüento llamado axim, daba como resultado el bermellón o rojo intenso. Del arbusto conocido como tezoatl, lograban por cocción de sus hojas, con piedra alumbre, un color colorado muy fino.
Igualmente, mezclando los diferentes colores conseguían colores compuestos; por ejemplo, mezclando el amarillo con el azul claro obtenían un verde llamado yapolli; mezclando grana colorada con alumbre y con tzacutli se hacía el morado. Para hacer ocre cogían la piedra tecoxtli molida y la mezclaban con el tzacutli. Para dar mayor firmeza a estos colores se valían del jugo del tzauhtU y del aceite de chía.
Los escribas aztecas se valían de pinceles de pelo de conejo, que tenían diversos grosores según los trazos que se requerían para plasmar la pintura en los códices.