Para el momento de la conquista de Yucatán en el siglo XVI, existía un número no conocido pero sí importante de códices mayas. Existen evidencias históricas que hablan de lo antiguo de estos códices, uno de los que hace referencia a ello es Alonso de Zorita, escritor y burócrata español que tuvo un desempeño ambiguo en la conquista y en la Nueva España, ya que abogaba por una conquista pacífica y tomaba una posición de respeto hacia los indígenas, su cultura y sus costumbres.
En los escritos realizados por Alonso de Zorita, se puede leer que los códices Mayas se remontaban a más de 800 años atrás de ese momento post colonial. Fue uno de los pocos que tuvo la oportunidad de que alguno de los códices mayas fueran interpretados para él. Eran reconocidos sus mensajes y escritos por los ancianos de la cultura Maya que se encontraban en Guatemala y los reseñan como libros espirituales.
Otra de las personas de la época post colonial que dejó evidencias de los códices mayas fue Fray Bartolomé de las Casas, un español que fue teólogo, jurista, entre muchas otras funciones desempeñadas durante la conquista.
Fray Bartolomé de las Casas lamentó profundamente la pérdida y destrucción de tan importante información de la cultura Maya, estaba convencido de que la razón que generó esta terrible decisión de mandar a destruir todos y cada uno de los códices, fue el temor creciente por parte de los conquistadores, sobretodo de los frailes, quienes temían que los indígenas persisten en sus creencias y no aceptaran la región que ellos estaban obligados a instaurar en suelo mesoamericano.