En 1921, Vasconcelos fue designado como el primer Secretario de Educación Pública en México. En esa posición estuvo encargado de la reforma educativa, que tuvo como rumbo el nacionalismo cultural del país.

Algunas de las principales acciones reformistas fueron la popularización de la educación, la creación de infraestructura en áreas rurales, la publicación de obras y la difusión cultural en el país.

Este proyecto educativo fue comparado con una evangelización cultural de la nación, puesto que la idea de Vasconcelos era que cada persona que supiera leer y escribir debía asumir un rol alfabetizador.

No aceptaba la segregación educativa de los indígenas, pues pensaba que se debía crear un plan a través del cual se los preparara para integrarlos en el sistema educativo nacional.

Para Vasconcelos fue primordial la creación de infraestructura que pudiese servir a los propósitos culturales para los mexicanos de cualquier estrato social, tanto de escuelas de todos los niveles, como de bibliotecas y recintos dedicados al arte.

El pensamiento filosófico de Vasconcelos es rico y original, abarca diferentes ámbitos, entre ellos, la estética, la metafísica y el mexicanismo en sí mismo.

Se oponía fervorosamente al positivismo, por eso propuso cambiar el nombre de la Secretaría de Instrucción Pública a Secretaría de Educación Pública.

Sin embargo, su planteamiento filosósfico principal y más conocido es el que expone en su obra La raza cósmica. En ella plantea que en Latinoamérica se dará el surgimiento de una quinta raza que será la unión de las otras cuatro, pero con características propias.

Allí expone que la selección natural hará que las características menos deseables, tanto estéticas e intelectuales como de comportamientos, sean desechadas por los nuevos individuos, que serán los únicos capaces de lograr la construcción de una nueva civilización en su etapa más avanzada.

Las mayores contribuciones de Vasconcelos se dieron en el área de la educación, y también en las artes, por robustecer la cultura en general.

Desde la Secretaría de Educación inició un plan que revolucionó las instituciones como se conocían en México hasta entonces.

Para eso se centró fundamentalmente en la creación de escuelas, rurales y urbanas, en el fortalecimiento de las instituciones educativas en todos los niveles y la democratización de la educación, es decir, que estuviese al alcance de todos los mexicanos.

También promocionó la literatura y la lectura como un ejercicio necesario para la difusión cultural. Prestó apoyo a muchos artistas plásticos, especialmente a aquellos que fueron parte del movimiento del renacimiento del muralismo mexicano.

La música también fue parte de los proyectos que arropó el plan reformador de Vasconcelos. Un ejemplo fue la creación de la Orquesta Sinfónica de México, fundada por Carlos Chávez con el apoyo de Vasconcelos.