Dentro de los cambios naturales pueden anotarse los cambios en cuanto a su nivel de agua por fenómenos atípicos como “El niño" o fuertes cantidades de precipitación que alteran por temporadas el lago.
Los cambios antrópicos o generados para el aprovechamiento humano se intensificaron en el siglo XVIII, se crearon estancias ganaderas y el surgimiento de la hacienda de Guaracha ,a finales del siglo XVII y principios del XVIII, fue la designación de un brazo ejecutor de un modelo de desarrollo que ponía el progreso ganadero y agrícola muy por encima de la conservación de un sistema lacustre.
Agregado a lo anterior, durante el siglo XIX los dueños de la hacienda de Guaracha hicieron crecer su patrimonio despojando de sus tierras a comunidades indigenas por lo que fue definida como: “un gran latifundio de baja productividad agrícola, cuya principal activdidad es la ganadería extensiva”.
Con la introducción de maquinaria a finales de siglo, controlaban más de 100,000(cien mil) hectareas dedicadas a la actividad agrícola y ganadera.
La pesca a principios del siglo XX aún era una actividad importante, pues debido al despojo de sus tierras, surgieron pueblos de indigenas que se dedicaban a la pesca para auto-consumo y proveían de pescado a ranchos y haciendas ganaderas, la calidad y sabor del pescado era tan bien conocido que se llevaba a Guadalajara.
Entre 1904 y 1909 Porfirio Díaz atendió el deseo de expansión de los hacendados construyendo un bordo desecando un aproximado de 50 000 (cincuenta mil) hectareas, tierras que fueron dedicadas a la agricultura y ganadería que se visualizaba como la mejor opción para el desarrollo del país.
En las dos sequías mas importantes del lago , 1955 y 200, cuando inclusive se creyó que el lago desaparecería, las tierras descubiertas, claramente de propiedad federal, fueron vendidas y concesionadas para utilizarse en actividades agropecuarias.
Desde 1957 el lago abastece aproximadamente el 60% de la demanda de agua de Guadalajara, la segunda ciudad mas poblada del país y desde 1940 que la cantidad de agua que se extrae del lago es mayor a la que se aporta, agregado a ello se recuerda que existen 552 presas con propositos agrícolas en el rio que alimenta al lago.
A principios de los 50 se construyó por parte de gobierno del estado, el malecón y parte de la infraestructura actual para atraer el turismo creciente de jubilados de Estados Unidos y Europa y las élites de Guadalajara y Ciudad de Mexico.