Fósiles
En la zona Chapala-Zacoalco se han recuperado diversos ejemplares de vertebrados fósiles, completos o partes de ellos. Algunas de las primeras excavaciones controladas que se efectuaron señalaron que podían existir dos momentos distintos de depósito, uno en las terrazas del lado norte que indican asociaciones de fauna propias del pleistoceno temprano o plioceno-pleistoceno, mientras que las del fondo del lago podrían asociarse al pleistoceno tardío. Sin embargo los posteriores rescates de material no han profundizado en una mayor definición del contexto estratigráfico (Alberdi y Corona, 2005).Los sedimentos de la cuenca de Chapala han producido predominantemente fósiles de mamíferos pero además se presentan peces, aves, reptiles e invertebrados. El origen del material fósil descubierto en los sedimentos modernos del lago es un punto de especulación. Downs (1958) consideró dos posibilidades: erosión de sedimentos subacuaticos o arrastre de material desde sedimentos aledaños. Posiblemente ambos factores están involucrados pero la contribución de cada uno la distribución de las unidades geológicas que contienen fósiles, dentro y fuera del lago solo pueden ser evaluadas por medio de futuros estudios de campo (Rufolo, 1998).
Chapala es una de las localidades más productivas de faunas de vertebrados en el centro de México (Miller y Carranza-Castañeda, 1984).
Chapala se une a la corta lista de localidades norteamericanas donde los géneros,
Stegomastodon, Cuvieronius y Mammuthus, coexistieron (Lucas, 2003).
Según diversos autores que reportan entre 1971 y 2006 existen en Chapala 31 registros de taxones fósiles Los cuales sin duda dejan muestra de que en las eras geológicas pasadas la cuenca Chapala era de una mayor extensión y sostenía especies que hoy significan un gran valor histórico-cultural para la sociedad.
Entre dicho registro fósil se encuentran géneros que habitaron diversas eras prehistóricas como el Rhynchoterium, Stegmas y Cuvieronius los tres pertenecen a un organismo parecido al mamut llamado gonfoterio, vivió en el Plioceno y Mioceno y es el precursor de los elefantes actuales (Fernández, 1999)
Entre los fósiles de Chapala se ha encontrado evidencia de modificaciones humanas en muchos huesos petrificados de animales (Davis, 2000). Además de los huesos modificados se han encontrado fragmentos de huesos humanos con las mismas características de los huesos fósiles de animales descubiertos en el lago. Dentro de este grupo de huesos humanos destaca un fragmento de arcada supraorbitaria izquierda que tiene un enorme parecido a formas homínidas primitivas conocidas de Asia, África o Europa, pero no más allá del norte de China (Solórzano-Barrreto,1995).[4]