En la ribera del lago de Chapala se han encontrado vestigios de huesos modificados por la mano del hombre y puntas de lanza de piedra, entre otras, que indican el paso de nómadas por la región hace aproximadamente 13 o 14,000 años. Los primeros asentamientos en la ribera de Chapala, en la región de Mezquitic, (ubicada actualmente en los linderos de Jalisco, Zacatecas y Nayarit) el Opeño, (localizada en Zamora Michoacán) y en la Capacha, Colima se remontan a aproximadamente 5,000 años a. de C. En dichas comunidades se encontraron restos de cerámica que datan de 1,500 años a de C., antropólogos e historiadores calculan que hace aproximadamente 3,000 años ya había una comunicación importante entre estas regiones del país (Panduro y Vázquez, 2001).
Dentro de las tumbas de tiro, además de la múltiple variedad de cerámica, se han encontrado piezas que representan seres humanos, caracterizados por hombres de cabeza alta y estrecha, así como con nariz recta y afilada. Aspectos fenotípicos que habrán de ser importantes en la caracterización genética de los individuos (Panduro y Vázquez, 2001).
Huicholes
Los indígenas Huicholes consideran el lago como un lugar espiritual y sagrado. Existen ceremonias espirituales relacionadas con el agua del lago. Se pueden encontrar fragmentos de barro y ollas viejas en el lago cuando el nivel del agua baja. Estos fragmentos de barro que se encuentran, representan los ofrecimientos espirituales que han pasado durante muchos años asociados con el lago. Los trabajos hidrológicos precolombinos que se encuentra en la cuenca representan el valor del agua por las culturas indígenas, ambos el mantenimiento y el uso del agua.
Comunidad Wixaritari
Los Wixaritari pertenecen a distintos grupos que, en algún tiempo, se fueron asentando en la sierra. Son de la familia Yuto-Azteca. Antes de los españoles, sus ancestros mantuvieron una vida independiente de los grandes reinos (Pagina web: Wixarika, 2007).
En el periodo de la Conquista, las tropas de los españoles que incursionaron en la zona estuvieron comandadas por Nuño de Guzmán, quien atravesó el estado de Nayarit en su recorrido hacia el noroeste, dejando a su paso una estela de destrucción. Muchos sobrevivientes huyeron a la sierra. Ésta, por su difícil acceso, no fue conquistada. Se poblaron sus alrededores durante la última década del siglo XVI y principios del XVII.
Los pueblos de Colotlán, Mezquitic, Huajimic, Huejuquilla y Tenzompa fueron fundados por los españoles como fronteras para delimitar el territorio conquistado (Pagina web: Wixarika, 2007).
La Isla de los Alacranes en el Lago de Chapala es considerada para ellos un centro ceremonial (Consejo Técnico de la Delegación Jalisco-Colima. Instituto Nacional Indigenista, 2002)
Aquí puede apreciarse la distribución de la población Wixarika según un censo del 2000 realizado por el INEGI.
La transformación de la morfología lacustre es un problema multifactorial historico y moderno, o al menos así lo define Cotler en su investigación,pues el modelo de desarrollo hidráulico empleado para satisfacer las demanda de los sectores productivos y de las ciudades deteriora enormemente la cuenca Lerma-Chapala, agregado al hecho de que el Gobierno quiere resolver un problema de ecosistema manipulando un solo recurso - Agua - .
Con el modelo colonial en México durante las ultimas décadas del siglo XVI comenzó a gestarse una idea acerca de la explotación a gran escala de la riqueza natural del país, predominó el desarrollo de la agricultura, ganadería y ya para el siglo XVIII se comienzan a dibujar las primeras haciendas.
Muchas personas comenzaron a dedicarse a la ganadería, la necesidad de carne y productos derivados de la misma estaba en aumento además de ser una actividad que rapidamente generaba utilidades sin mucha mano de obra.
A medida que la agricultura iba cobrando importancia, la pesca la iba perdiendo, pero no fue hasta el gobierno de Don Porfirio Díaz en los albores del siglo XX, que la hacienda se convirtió en la base del desarrollo liberal, la producción agropecuaria y la organización socio-económica del país.
Con lo anterior y estos deseos de “modernización” y “desarrollo” se han visto perecer sistemas lacustres completos, como la laguna de Mayrán y la de Viesca en Coahuila, la ciénega de la laguna de Zacapu en Michoacán y poco después Chapala cerca de los 1900. Un ejemplo más reciente es la laguna de Colesio en el valle Ecundureo de Michoacan en 1967.
Chapala es un ejemplo fehaciente de la modificación de paisajes lacustres en función de las necesidades económicas, destruyendo ecosistemas y utilizando de forma desmedida y mal planificada los recursos; Entre 1970 y 2006 se redujo 30% de su cobertura vegetal y 21% de sus cuerpos de agua.
Hoy existen cerca de 3500 industrias que se encuentran a lo largo de la cuenca,
y realizan actividades dentro del ramo; metal-mecanico,curtido de pieles,electromecánico,químico, pinturas, de baterías electrolíticas y petroquímica.
Las industrias mencionadas vierten sus desechos al lago, por lo que en 2001 se reportaba que el 64% del agua que llegaba al lago no había sido tratada , pues las plantas tratadoras de agua que existen en el lago, son insuficientes aunque la mayoría no operan o lo hacen a un 50 o 70% de su capacidad.
El flujo de agua del rio Lerma al lago de Chapala se ve alterado por 552 presas que son parte del sistema de irrigación más amplio del mundo, pues emplea el 76.7% del agua dulce superficial del país.