Risale al 976 la prima notizia relativa alla chiesa di San Vittore situata ad Agrate Conturbia, vicina al battistero di San Giovanni e donata da Ottone I ai canonici di San Giulio dell'isola d'Orta. Nel Basso Medioevo l'edificio passa alle dipendenze della Pieve di Suno.
La chiesa ha subito numerose modifiche nel corso dei secoli, che hanno alterato la sua immagine originale. Rimane, del periodo romanico, l'impianto a tre navate, che si riconosce anche in facciata dallo schema compositivo strutturato con una parte centrale più alta e due laterali di altezza minore; conserva inoltre una lunetta esterna contenente un dipinto del XII secolo. La facciata della chiesa, il cui intonaco risulta piuttosto deteriorato, volge a ponente, è a salienti e si presenta suddivisa da delle lesene sopra le quali sono visibili dei pinnacoli in tre porzioni, delle quali la centrale, più alta, è caratterizzata dal portale d'ingresso sovrastato da un rosone e da una bifora, mentre quelle laterali presentano due ingressi minori e da due rosoni di dimensioni inferiori. L'interno è spartito in tre navate; al termine dell'aula vi è il presbiterio, chiuso dall'abside rivolta ad oriente. La torre campanaria non è intonacata e si presenta in pietra e in laterizio; la cella è caratterizzata da una monofora con arco a sesto acuto per ognuno dei quattro lati