En 1537, cerca de la desembocadura del río Mala, en el mirador preincaico que se ubica sobre el mar, en la zona hoy denominada Las Totoritas, se reunieron para llegar a un acuerdo de paz Diego de Almagro (que regresaba desilusionado de Chile) y Francisco Pizarro. Sin embargo, como cuenta el cronista Pedro Cieza de León, Pizarro tramó emboscar a Almagro durante dicha reunión para ―presumiblemente― acabar con él allí mismo. Almagro escapó antes de caer en la trampa y como era lógico, la tregua entre los dos exsocios de la conquista del Perú quedó rota. Finalmente, al poco tiempo ―en julio de 1538― Pizarro logró hacer ajusticiar a Almagro, a manos de su hermano Hernando Pizarro en la Plaza Mayor del Cuzco. En 1541, el hijo de Almagro y sus compañeros se cobraron venganza y asesinaron en Lima ―dentro de la propia casa de Gobierno― al propio Francisco Pizarro.
Antes de la llegada de los españoles, habitaban la zona los huarcos, valientes y feroces guerreros que defendieron con su vida la fortaleza de Cañete, ante el avance avasallador de los imperialistas incas, provenientes del Cuzco. Luego, ya dentro del Imperio incaico, la población de Mala quedó bajo la influencia política y religiosa del santuario de Pachacámac (ubicado a 30 km de la actual Lima).
Mala fue parte del distrito de Coayllo. En la época Republicana el distrito de Mala fue creado el 2 de enero de 1857.
En las haciendas de Mala, como Bujama, se criaron los primeros y más famosos toros de lidia en el Perú, desde la época de la conquista, en el siglo XVI, hasta entrado el siglo XX, a partir de las primeras reses bravas llevadas al Perú ―en su mayor parte― por los miembros de las órdenes religiosas llegadas en esa época.
Desde el siglo XIX, allí se desarrolló la ganadería Rinconada de Mala, cuyos restos de casa ―hoy una hacienda― se encuentran a la altura del km 86 de la [Autopista Panamericana] Sur, a unos 1000 metros del mar. Ganadería de bravo muy famosa en la historia taurina del Perú, creada sobre una base de ganado autóctono, con sementales y vacas españolas. Sin embargo, la zona denominada propiamente La Rinconada, se encuentra realmente unos 10 km hacia el este, sobre el Río Mala. Ello nos da una idea de la extensión que tuvo dicha hacienda ganadera.