水圏動物生理学分野の実験に必要な情報やプロトコール（研究室内のみ閲覧可）

1. ホタテガイの購入先

たけうち水産　　　　　　　　　　FAX注文用紙

龍運丸水運　　　　　　　　　　　FAX注文用紙

オホーツク活魚ネット

ヤマキイチ商店（泳ぐホタテ）　

らびっとらん

かめあし商店　　7 kg     3 kg

サンプリング用シート

ホタテガイの麻酔 　　Word     PDF

2.1. 核酸抽出＆クローニング

DNA抽出 　　　　　日本語　pp.3-5: 細胞　pp.6-9: 組織

オプション: p.7  RNase処理　     20uLのPureLink RNase A (20 mg/mL, Thermo)をSTEP2で加える　

簡易版DNA抽出　　　　　　　　   Word      PDF 

RNA抽出(DNase処理) RNeasy    　日本語　English

• ※On-columnでのDNase処理はEnglish Manualの以下のページを参照してください。

• pp.82-84 Appendix D: Optional On-Column DNase Digestion with the RNAse-Free DNase Set

• pp.85-86 Appendix E: DNase Digestion of RNA before RNA Cleanup

RNA抽出                       TRIZOL        　日本語

cDNA合成(High Capacity)　 　　日本語　

cDNA合成(FastGene) 　 　　日本語　

PCR　　　　　　　　　　　　　　Word      PDF 　

電気泳動 　　

TAEバッファー 　　

TAクローニングベクター　　　　　TOPO　pGEM quick full　 

InFusionクローニング　　　　　　  Word      PDF 

大腸菌への形質転換　　　　　　　日本語　

培地　　　　　　　　　　　　　　

クラッキング

コロニーPCR　　　　　　　　　　  Word      PDF 　　　　　　　　

プラスミド抽出　　　　　　　　　

制限酵素消化　　　　　　　　　　

シーケンシング　　　　　　　　　日本語　

realtime-qPCR　　　   　　　　　　日本語　

2.2. real-time qPCR

2.2.1 プロトコル

qPCRプロトコル (相対定量法) Word     PDF

QuantStudio3セットアップ Word     PDF

2.2.2 器具、試薬、装置マニュアル

96 well platform　　　　　   　　　 PPT　PDF

SYBR Green Pre Mix

・Power SYBR       User guide　Quick ref

・PowerUP SYBR    User guide　Quick ref

・PowerTrack SYBR User guide　Quick ref

ABI7300

QuantStudio3

2.2.3 データ解析

geNorm                 Excel(win7)     Web

RefFinder                 Web

検量線法                                            Excel

2.2.4 参考文献（リファレンス遺伝子）

Yesso scallop      ①　②　Excel

Akazara scallop   ①　②　Excel

Pacific oyster       ①　②　Excel

Manila clam          ①　②　Excel

ホタテガイのref genes　　旧　新

アカザラガイのref gene 新

RT-qPCRプロトコル（小林）

1⃣RT-qPCRプロトコル 4⃣QuantStudio3エクセル生データ

2⃣QuantStudio3操作ガイド 5⃣発現量解析

3⃣ラン後の検量線 6⃣リファレンス遺伝子での補正

一連の実験の順番 補足

3. 組織学

固定（ダビッドソン溶液）　　　　日本語　English

包埋　　　　　　　　　　　　　　

薄切＆伸展　　　　　　　　　　    

モレキュラーシーブ Word     PDF　取説

HE染色　　　　　　　　　　　　  

ISHのプローブ　　　 　 Word     PDF　

ISH　　　 　 　 Word     PDF　　　　　　　　　　　

免疫組織染色　　 　 Word     PDF　

二重免疫組織染色　　 　 Word     PDF

免疫細胞染色　　 　 Word     PDF

スライドグラスのラベル　　　　　　　Excel

4. タンパク質の解析

大腸菌によるリコンビナント　  　 Word     PDF　　　　　　  　　  　　　　　　　　  　　　　  　

Western blotting    　　　   　  　 Word     PDF　  

ChemiDoc XRS Plus　　　　　　　　　Word　マニュアル

タンパク質の濃度測定 (Bradford法) Word     PDF　  Manual

5. 受精卵＆初代培養＆遺伝子導入＆ゲノム編集

二枚貝受精卵の調整　　　　　　

二枚貝の初代培養細胞の調整　　

動物細胞の初代培養　　　　　　日本語①　日本語②　

細胞生存アッセイ 　　Word　PDF

  [Cell Counting Kit-8]　Manual 　　　　　　　　　　

  [CellTiter-Glo 2.0]　　　   Manual　　Quick manual

  [Cell Proliferation Kit I (MTT)]　　　Manual 　　

二枚貝細胞の蛍光染色 　　Word　PDF

マイクロインジェクション法　　

Fast Green FCF溶液                         Word      PDF

エレクトロポレーション法　　　

リポフェクション法　　　　　　Manual①　Manual②　Manual③

二枚貝細胞用の発現ベクター　　　GFP融合　　OsHV-1::EGFP　　OsHV-1::RFP

ガイドRNAの調整　　　　　　　Manual①　Manual①補足　プライマー作成例　プライマー①　プライマー②

6. NGS関連

RNA抽出　Word　PDF　

Quantus　Manual_JP　Protocol_full　Protocol_quick

7. 統計処理・バイオインフォマティクス

RStudioによる統計処理入門　Word　PDF　RStudio practice GI.csv　RStudio MW.test.csv　RStudio kruskal.test.csv　　

トランスクリプトームのde novo assembly　

Local blast+　　　　　　　　

DEG　　　　　　　　　　　　

GWAS　　　　　　　　　　　

8. ラボ内共有データ

二枚貝の成熟サイクルまとめ　　日本語　

各種プライマー　       Excel

各種ベクター pCR4-TOPO   pGEM-T  pCold  pCold-ProS2  pcDNA4/V5His

ホタテガイの解剖図　 ①　②　

cellSensマニュアル 　 PDF

CDA-1000 (sysmex)                PDF

ChroMate (PRACTICAL)           PDF

GloMax-Multi+ (Promega)　　　　 Word      PDF　　日本語マニュアル

SnapGene Viewer　　　　　　　v7.1.2

ilastik　　　　　　　　　　　　PDF　PPT

9. 学生実験の資料

日程と実験内容

　　実験の予定と進め方

① 無脊椎動物学実験

　　解剖図　　ワークシート　　FAX注文用紙

②データ解析演習（RStudioによる統計解析）

　　データ集約　　　Googleスプレッドシート

　　csvひな型ファイル

　　マニュアル　　　日本語　English　R script

　　レポート課題　　日本語　English

③ 組織学実験

　　免疫染色　　ワークシート　　動画教材

　　抗原タンパクの相同性　　配列　　補助教材

0. 事務手続き関連

薬品登録　　　　　　　　　　

薬品廃棄　　　　　　　　　　

廃液処理　　　　　　　　　　

エタノール関連　　　　　　　

免税エタノール購入　　　　　

保有数管理