Teori Yunnan Menurut teori Yunnan, nenek moyang bangsa Indonesia berasal dari Yunnan, China. Teori ini didukung dengan penemuan sebuah kapak tua di Nusantara yang pasalnya mempunyai kesamaan dengan kapak di Asia Tengah. Konon, nenek moyang bangsa Indonesia memiliki budaya kelautan yang sangat kenatl, yaitu sebagai penemu asli perahu bercadik yang menjadi ciri khas kapal-kapal Indonesia zaman itu.

Para penduduk ini kemudian menetap di salah satu wilayah di Nusantara dan disebut sebagai bangsa Melayu Indonesia. Orang-orang inilah yang disebut-sebut menjadi nenek moyang langsung dari bangsa Indonesia sekarang. Menurut teori Yunnan, ada tiga gelombang perpindahan atau migrasi yang dilakukan nenek moyang bangsa Indonesia, yaitu: 

• Proto Melayu (2500 SM) 

• Deutro Melayu (1500 SM) 

• Melanesoid (70.000 SM) 

• Bangsa primitif 

• Manusia pleistosen atau purba 

• Suku Wedoid 

• Suku Negroid

Teori Nusantara menyebutkan bahwa nenek moyang bangsa Indonesia berasal dari Indonesia sendiri, bukan dari luar. Teori ini juga didukung oleh beberapa ahli ternama, seperti Muhammad Yamin, Gorys Keraf, dan J Crawford. Teori ini mengatakan bangsa Melayu merupakan bangsa dengan peradaban tinggi. Selain itu, ada juga kemungkinan jika orang Melayu merupakan keturunan dari Homo Soloensis dan Homo Wajakensis.

Teori Out of Taiwan Selanjutnya ada teori out of Taiwan yang mengatakan bahwa bangsa Indonesia berasal dari Taiwan, bukan daratan China. Mereka diperkirakan datang dari Taiwan melalui Filipina sekitar tahun 4.500-3.000 SM. Lalu, sekitar tahun 3500-2000 SM, mereka melakukan migrasi ke Indonesia lewat Sulawesi dan akhirnya menyebar ke berbagai pelosok Nusantara. Menurut pendekatan linguistik, dijelaskan juga bahwa dari keseluruhan bahasa yang digunakan suku-suku di Nusnatara saat itu memiliki rumpun yang sama, yaitu rumpun Austronesia. 

Dengan demikian, dari segi bahasa dapat dilihat bahwa orang-orang Indonesia mengadopsi budaya Austronesia dan mengembangkannya sampai menjadi bahasa Indonesia seperti sekarang. Selain itu, menurut hasil riset genetika, dari ribuan kromosom tidak ditemukan adanya kecocokan dengan pola genetika di wilayah China.

Teori Out of Africa mengemukakan bahwa nenek moyang bangsa Indonesia berasal dari Afrika. Teori ini menyatakan salah satu jenis manusia purba, yaitu Homo Sapiens adalah spesies manusia modern yang merupakan nenek moyang kita. Homo Sapiens diperkirakan muncul sejak 120.000 tahun yang lalu, ketika bumi sedang mengalami lonjakan populasi manusia.

Mereka kemudian menyebar ke seluruh dunia antara tahun 200.000 hingga 100.000 tahun yang lalu. Akan tetapi, ada juga salah seorang ilmuwan menyatakan bahwa tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa gen manusia modern bercampur dengan gen spesies manusia purba.