BRENDA (The Comprehensive Enzyme Information System) 是全球最完整的酵素數據庫，涵蓋了來自文獻與實驗數據的詳細酵素資訊。該數據庫包含超過 100,000 種酵素，涵蓋其 酵素分類編號（EC Number）、催化反應、底物與產物、動力學數據（Km, kcat）、最佳pH與溫度、抑制劑與激活劑、基因表達資訊 等。

BRENDA 的數據主要來自經過專家手動整理的科學文獻，並可透過 關鍵字搜索、EC編號、酵素名稱或基因名稱 來檢索所需資訊。該數據庫廣泛應用於 生物化學、藥物開發、代謝工程 及 酶催化反應建模 等領域，為學術研究與產業開發提供強大的酵素參考資源。

​Web of Science（WoS）是由 Clarivate Analytics 提供的權威學術資訊平台，整合多個資料庫，涵蓋學術期刊、會議論文等多種文獻的引文數據。 ​其核心合集包括：

• 科學引文索引擴展版（SCIE）：​收錄全球最具影響力的期刊，涵蓋 178 個科研學科。​Clarivate

• 社會科學引文索引（SSCI）：​涵蓋 58 個社會科學學科的高影響力期刊。​

• 藝術與人文引文索引（AHCI）：​收錄 28 個藝術與人文科學學科的權威期刊。​

WoS 的引文索引功能使研究人員能夠追溯研究文獻的起源與發展，並追蹤最新進展。 ​該平台廣泛應用於學術研究、文獻計量學分析等領域，是全球學術界的重要資源。​

蛋白質資料庫（Protein Data Bank, PDB） 是一個專門收錄生物大分子三維結構資訊的全球性資料庫，涵蓋蛋白質、核酸及其複合物等。 ​自 1971 年成立以來，PDB 作為唯一的結構數據存儲庫，為全球科學家提供了寶貴的資源。 ​目前，PDB 由 全球蛋白質資料庫組織（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB） 管理，確保數據的完整性和公開可用性。 ​研究人員透過實驗方法，如 X 射線晶體學、核磁共振光譜學和冷凍電子顯微鏡，獲取生物大分子的三維結構，並將這些數據提交至 PDB。 ​這些結構數據對於理解生物分子的功能、藥物設計以及生物技術應用具有重要意義。​PDB 的數據可供全球研究人員免費訪問，是結構生物學領域的重要資源。

ProtParam 是 ExPASy 提供的線上工具，可計算蛋白質序列的各種物理化學參數。使用者輸入 UniProtKB 編號或蛋白質序列後，系統能分析分子量、理論等電點（pI）、氨基酸與原子組成，並預測蛋白質的消光係數，以評估其光吸收能力。工具還能計算半衰期與不穩定指數，預測蛋白質的穩定性，並提供脂肪族指數與平均疏水性（GRAVY），用於評估熱穩定性與折疊特性。需注意，ProtParam 以氨基酸序列為基礎，未考慮翻譯後修飾與多聚體狀態，因此應搭配其他工具使用。該工具適用於蛋白質功能研究、實驗設計與生物技術開發，為生命科學研究提供重要支持。