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明鄭時期因鄭成功信仰「玄天上帝」，因而間接成為多數民眾主要信仰。直至清領時期多數民眾改為信仰「媽祖」，據傳因清兵攻台主要信仰媽祖，且攻台期間媽祖神蹟庇佑以協助軍隊成功登陸，因此清領初期施琅大肆推廣媽祖信仰，爾後只要有玄天上帝廟附近則會出現媽祖廟，此為施琅統治初期之政治手段，藉由改變民間信仰以間接統治民心。

媽祖樓天后宮，是清領時期附近軍工道場工兵及鄰近船頭行郊商店舖商人之保護神，相傳為先民從大陸移居此地，並從湄洲攜媽祖至此，將香火安放在閣樓後遂離去，爾後在此的里民來往船隻，常在夜裡看見燈火微光，引導船隻平安航行，里民們發現湄洲媽祖香火，驚知為媽祖顯靈保佑，故在西元1755年集資建廟，將媽祖香火供俸閣樓，稱為「媽祖樓」。