Pour le premier semestre de la deuxième année de Master, les étudiants s'inscrivent dans une finalité. Chaque parcours possède deux finalités:
Parcours Ecologie Evolutive et Ecologie Fonctionnelle:
Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes
Ecologie Evolutive
Parcours Ecologie de la Conservation et Ingéniérie: Recherche et Expertise
Ecologie de la conservation
Ingéniérie Ecologique
Expertise Faune Flore
Pour chaque parcours, les étudiant.e.s doivent choisir 30 ECTS parmi les UEs au choix dans la finalité.
Les étudiant.e.s réalisent un stage en laboratoire de recherche pour le parcours EEF, et en entreprise ou en laboratoire de recherche pour le parcours ECIRE.