El objetivo fundamental de la declaración de Jardines de la Reina como parque nacional es la protección efectiva de los valores naturales de esta área clave del Caribe, propiciar la continuidad de los servicios de sus ecosistemas para el sustento de la pesca en las aguas adyacentes al parque y brindar al mismo tiempo la posibilidad de realizar actividades de turimo sustentable que contribuyan al sostenimiento de la conservación.
El trabajo de conservación en el parque se basa en un Plan de Manejo, elaborado sobre sólidas bases científicas y con la participación de los principales usuarios e interesados en la conservación. Este plan, que se actualiza cada 5 años, ha iniciado en 2017 su segundo ciclo luego de la declaración del parque en 2010.
En su ejecución, que incluye tareas de monitoreo, investigación uso sostenible y sobre todo de vigilancia y proteción, participan tanto el personal de la adminsitrración del parque, como los trabajadores del turismo y la pesca autorizados a utilizar algunos de los recursos del área protegida bajo estrictas regulaciones y en las zonas establecidas para estas actividades.
Disminuir las amenazas a los objetos de conservación y garantizar la protección efectiva de los recursos naturales, mediante el fortalecimiento de la capacidad de manejo y la capacitación del personal del parque y de otros involucrados.
Facilitar el uso público regulado y el turismo sustentable para el disfrute de los valores del parque.
Promover el uso sustentable de los recursos marinos en el área de influencia del parque.
Incrementar el conocimiento científico de los valores del área garantizando el monitoreo de la biodiversidad, de las amenazas de los objetos de conservación y especies claves para apoyar el manejo.
Fortalecerla conciencia y la ética ambiental de los trabajadores, visitantes y habitantes de las comunidades que influyen en el parque, con énfasis en la promoción de los beneficios actuales y potenciales de los bienes y servicios del parque.
Fortalecer las alianzas entre los principales actores para garantizar el manejo efectivo y la protección de los recursos naturales del área.