La legislación cubana relativa a la protección ambiental y el manejo de recursos naturales renovables conforma el marco general para el manejo de las áreas protegidas de Cuba. Sus instrumentos más importantes son: el Decreto Ley 164 de 1996 de Regulaciones Pesqueras, la Ley 81 de 1997 sobre el Medio Ambiente, la Ley 85 de 1998 Ley Forestal, el Decreto Ley 200 de 1999 sobre Contravenciones Ambientales, el Decreto Ley 201 de 1999 sobre el Sistema Nacional de Áreas Protegidas, la Resolución 160 de 2011 sobre Regulaciones para el control y la protección de especies de especial significación para la diversidad biológica , y el Decreto Ley 331 de 2015 sobre la Zonas con Regulaciones Especiales.

Adicionalmente, el Parque Nacional Jardines de la Reina cuenta con varios instrumentos legales específicos que han regulado y en varios casos regulan, el uso de los recursos en el parque y dan respaldo legal a su manejo. En primero lugar, en 1996 gran parte el área fue declarada Reserva de Pesca por el Ministerio de la Industria Pesquera por la Resolución 562 de 1996. Posteriormente, en 2010 gran parte del archipiélago fue declarado Parque Nacional por el Acuerdo 6803 de 2010 del Comité Ejecutivo del Consejo de Ministros de Cuba. El Ministerio de la Agricultura, organismo al cuál se le adjudicó la administración del parque, designó a la Empresa Nacional para la Protección de la Flora y la Fauna como entidad administradora mediante su Resolución 1254 de 2015. Además, la Empresa Nacional para la Protección de la Flora y la Fauna emitió la Resolución 26 de 2016 con las Regulaciones para las embarcaciones de recreo que visten al parque. En 2017 se aprobó también por el Ministeriode Ciencia Tecnología y Medio Ambiente el Plan de Manejo del Parque Nacional Jardines de la Reina para el período 2017-2021.