El Parque Nacional Jardines de la Reina constituye una pieza clave en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas de Cuba. El inicio de su protección ocurrió en 1996, cuando gran parte del archipiélago fue declarado como reserva de pesca (Zona Bajo Régimen Especial de Uso y Protección; ver más abajo la Resolución del Ministerio de la Industria Alimentaria que la creó). En abril de 2010 fue declarado parque nacional bajo administración del Ministerio de la Agricultura por el Acuerdo 6803 del Comité Ejecutivo del Consejo de Ministros (Ver Certificación más abajo). El Ministerio de la Agricultura designó a la Empresa Nacional para la Protección de la Flora y la Fauna (conocida simplemente por Flora y Fauna), compañía del gobierno cubano encargada de la administración y manejo de más del 80% de las área protegidas del país, como la entidad administradora del parque. Para su gestión de administración, cuenta con personal capacitado, estaciones biológicas en puntos clave del parque y embarcaciones para el monitoreo y protección de los valores de esta maravilla natural (Ver Resolución del Ministerio de la Agricultura más abajo).

El trabajo de Flora y Fauna es apoyado por su socio en el uso turístico del parque: Marlin Azulmar, empresa especializada que se encarga de las operaciones de buceo y pesca deportiva, bajo la supervisión , y de acuerdo, con Flora y Fauna. Este arreglo de co-manejo es la garantía de la efectividad de la protección y gestión de los valores y recursos naturales del parque. Como parte de las medidas tomadas para este fin, además de contar con un plan de manejo completo y bien fundamentado, la empresa Flora y Fauna ha emitido una Resolución para regular la visita de embarcaciones de recreo.

Más información sobre la legislación que regula al PN Jardines de la Reina en: Marco legal para el manejo