javascriptはjavaとは関係がないようですね。でもscriptの意味は「台本」や「シナリオ」です。つまり俳優がどのように振る舞いお芝居をするかをあらかじめ決めるものです。つまり、コマンドがどのように実行されるかを決めるものがscriptです。scriptに従って、webページの中でコマンドが実行されるというわけです。
htmlやCSSはどのように文字や画像を見せるかに重点が置かれていますが、javascriptはボタンを押したり、web上で計算や時間など動くものを実現できます。あなたのwebページが単に知識を整理して見せるだけのページからアプリのような役立つページになります。
javascriptはhtmlやCSSと同じインタープリタ言語で書いたコードがそのまま実行されていきます。従って速度が上がりません。
一方javaはコンパイラがあります。コンパイルすると動く速度が速くなります。javaコードをコンパイルしたプログラムは広いOSで動くことで人気があります。ディスクトップアプリとしても利用されています。