L'histoire débute dans un monde où l'humanité vit retranchée derrière trois immenses murs afin de se protéger des Titans. Un jour, le Titan Colossal apparaît soudainement et détruit la porte du mur Maria. Les Titans envahissent alors le territoire, provoquant la mort de milliers de personnes, parmi lesquelles la mère d'Eren Jäger. Traumatisé, Eren jure d'anéantir tous les Titans.

Quelques années plus tard, Eren rejoint l'armée avec ses amis d'enfance, Mikasa Ackerman et Armin Arlelt. Après leur formation, ils sont confrontés à une nouvelle attaque contre le district de Trost. Alors qu'ils tentent de défendre la ville, Eren est présumé mort après s'être sacrifié pour sauver Armin. Peu après, un Titan mystérieux apparaît et combat ses semblables avant qu'il ne soit révélé qu'il s'agit d'Eren, capable de se transformer en Titan. Cette découverte bouleverse les autorités, qui hésitent entre exécuter Eren ou exploiter son pouvoir. Grâce au soutien du capitaine Levi et du commandant Erwin Smith, Eren intègre le Bataillon d'Exploration. Sa capacité devient un atout majeur pour tenter de reprendre les territoires perdus et percer le mystère des Titans.Lors de la 57ᵉ expédition hors des murailles, le Bataillon est attaqué par le Titan Féminin, une ennemie intelligente qui semble rechercher Eren. Malgré plusieurs tentatives pour la capturer, elle parvient d'abord à s'échapper après avoir infligé de lourdes pertes aux soldats. L'identité du Titan Féminin est finalement révélée : il s'agit d'Annie Leonhart, une ancienne camarade d'entraînement d'Eren, Mikasa et Armin.

Une opération est alors organisée dans le district de Stohess pour arrêter Annie. Après un affrontement spectaculaire entre les formes titanesques d'Eren et d'Annie au cœur de la ville, cette dernière est vaincue. Avant de pouvoir être interrogée, elle s'enferme volontairement dans un cristal impénétrable, empêchant toute révélation sur ses véritables motivations. Le jeu se conclut sur cette victoire incomplète. Bien que l'humanité ait réussi à neutraliser le Titan Féminin, de nombreuses questions demeurent sans réponse concernant l'origine des Titans, les individus capables de se transformer en Titan et les secrets cachés derrière les murailles. Cette fin ouvre directement la voie aux événements de la deuxième saison de l'anime, qui seront développés dans la suite vidéoludique.