La SEELE tente de mettre en place le Plan de Complémentarité de l'Homme, c’est-à-dire unir tous les Hommes en une seule entité pour mettre fin aux guerres et aux combats individuels de l'humanité. La Graine d'Adam (la progéniture des Anges) était à l'origine envoyée sur Terre. Mais à cause de l'arrivée de la Graine de Lilith (la progéniture de l'humanité), Adam s'est désactivé. La SEELE voit l'humanité comme les faux héritiers de la planète et les Anges comme les vrais successeurs, les fils de Dieu. Ils travaillent pour détruire les Anges, puis unir l'humanité en Un avant de s'unir à Lilith et Adam pour devenir une partie de Dieu.
Le plan original de la SEELE pour l'accomplir était d'unir Lilith avec Tabris, le vaisseau de l'âme d'Adam, causant ainsi le Third Impact. Cela aurait dû, avec l'aide des treize Evangelions, accomplir le Plan de Complémentarité de l'Homme. Mais la perte de l'Evangelion Unité-03 et de l'Evangelion Unité-04, et les retards dans la construction de l'Unité-05 et de l'Unité-06, ont poussé la SEELE à construire les Evangelions Produites en Série contrôlées par le Dummy System].
La mort de Tabris amène la SEELE à conclure que l'Ange n'était pas "le successeur de la vie". Ceci a été justifié par les Manuscrits de la Mer Morte, car ils ne prévoyaient rien de cela. La SEELE décide aussi de ne plus espérer utiliser le pouvoir des Anges pour accomplir leurs plans.
Organisation
La SEELE existe depuis bien longtemps. Certaine personne pense même qu'elle existe et dirige le monde depuis l'Antiquité [2]. L'organisation dirige la NERV sous le nom du Comité de la Complémentarité de l'Homme, une réunion constituée de cinq membres de la SEELE, notamment Keel Lorenz, qui représente officiellement les Nations Unies. Les membres du Comité sont montrés lors des réunions et associés à des couleurs. Cependant, pour les réunions officielles de la SEELE, ils sont représentés par de grands monolithes noirs où est marqué "SEELE <numéro du membre> Sound Only>" à la place de la véritable image des membres.
Il est présumé que Keel Lorenz, SEELE 01, est le leader de l'organisation puisque c'est celui qui parle le plus et au nom de l'organisation. Le nombre des membres de la SEELE lors des réunions varie à chaque fois. Il est normalement de douze mais il y a parfois quinze membres ou seulement sept.
Le seul membre connu est Keel Lorenz tandis que les quinze autres membres sont inconnus (quatre sont présents dans le Comité de la Complémentarité). Toutes les autres personnes ou groupe affiliés à la SEELE n'ont pas de pouvoir officiel dans l'organisation. Certaines personnes pensent qu'ils sont une sorte d'intelligence artificielle similaire à MAGI; ou qu'ils sont des humains similaires à Kaworu Nagisa ou Rei Ayanami.