L’Assemblea Sinodale è composta da Sua Beatitudine il Patriarca, dall'Arcivescovo Emerito, due Arcivescovi Metropoliti, un Episcopo e dall'Arcidiaconessa, quale alto rappresentante dell'Ordine Diaconale Femminile.
Cancelliere della Chiesa, eletto dall'Assemblea Sinodale è S.Em.za Eliseo, Arcivescovo Metropolita del Centro Italia e delle Isole.
Il Santo Sinodo si riunisce ordinariamente, convocato dal Primate, una volta all’anno, il giorno di Pentecoste al fine di deliberare sulle proposte del Patriarca; può essere convocato inoltre in tutte le altre occasioni in cui lo si ritenga necessario.
In caso di decesso del Patriarca o sua rinuncia, viene convocato al fine di eleggere un nuovo Pastore a guida della Chiesa.
A supporto del Santo Sinodo è stato costituito il Collegio Corepiscopale.
Il Collegio Corepiscopale, presieduto dal Primate, è composto attualmente da due Corepiscopi.
Il Collegio ha funzione consultiva e propositiva e si riunisce due volte all’anno o su proposta del Primate.