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Principais recursos computacionais disponíveis atualmente:
Principais recursos computacionais disponíveis atualmente:
Descrição do equipamento
O cluster HPCC-Crab possui diversos componentes que juntos formam a solução completa de computação de alto desempenho. O mesmo está habilitado para executar diversas aplicações de bioinformática para contemplar a grande maioria dos casos de uso. São 40 unidades de processamento (24 com 128 GB ou 16 com 64GB de memória RAM), que podem se usadas em cluster para processos paralelos MPI, e uma unidade de alta capacidade de processamento e 3TB de memória RAM.
O Crab foi construído pensando não apenas em performance, mas também em segurança, capacidade de alta disponibilidade e aproveitamento de recursos. Há dois servidores de acesso e submissão (headnode) em alta disponibilidade e quatro servidores para gerenciamento do armazenamento (storage nodes). O sistema operacional dos servidores do cluster é GNU/Linux, distribuição CentOS 7.4, provisionado via Bright Computing. A alocação dos recursos computacionais é requisitada através do gerenciador de filas e agendador de tarefas Slurm Workload Manager (gestor de carga de trabalho). As unidades de processamento estão equipadas com interconexão padrão InfiniBand para processamento paralelo (Bit rate 40Gbps e Data Rate 32Gbps).
Processamento:
Fila g64
192 núcleos de processamento (16 nós de 12 núcleos)
64 GB de memória RAM em cada nó
466 GB em disco para scratch
Fila g128
672 núcleos de processamento (24 nós com 28 núcleos - 56 threads)
128 GB de memória RAM em cada nó
187 GB em disco ssd para scratch
Fat Node - Shark
72 núcleos de processamento (até 144 threads)
3 TB de memória RAM
3,6 TB em disco ssd para scratch
Armazenamento
280 (120+160) TB para armazenamento de dados em processamento
Lobster:
Servidor dedicado ao desenvolvimento de análises com R na interface R-Studio. Integrado ao HPCC-Crab, com acesso ao armazenamento compartilhado e possibilidade de submissão de jobs pelo SLURM.
24 (4x6) Cores
256 GB RAM
3,6 TB de armazenamento de dados em processamento
Siri:
Super computador SGI UV-2000, usado prioritariamente para análise de genomas e outras tarefas com alta demanda de memória e processamento. Utiliza sistema operacional Linux, distribuição Suse SLES12 SP1, sem gestor de carga de trabalho.
80 (4x2x10) núcleos de processamento (até 160 threads)
1 TB de memória RAM compartilhada
30 TB de armazenamento
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