Linhas de Pesquisa

Integração de dados multi-ômicos para detecção de marcadores moleculares de interesse clínico.

Objetivo: Dada a grande heterogeneidade genômica inter e intra-tumoral existente nos diferentes tipos de câncer e aos mecanismos desconhecidos de resistência à terapias, torna-se cada vez mais importante o estabelecimento de estratégias de prevenção e tratamento considerando-se a variabilidade genética de cada indivíduo e de cada tumor utilizando-se análises em larga escala. O desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) levou à geração de uma quantidade massiva de dados genômicos, transcriptômicos e epigenômicos. A integração destes dados em larga escala, embora seja um grande desafio, possibilita uma visão sistêmica da biologia tumoral e vias metabólicas afetadas por estas alterações. Estes dados podem, então, ser associados a dados clínicos para que se compreenda o impacto das alterações no desfecho clínico de pacientes.

Publicações relacionadas:


Estudo das populações do microambiente tumoral e sua interação com as células malignas

Objetivo: A comunicação entre as células tumorais e seu microambiente é um mecanismo essencial de suporte ou prevenção do desenvolvimento e progressão do tumor. Através do uso de sequenciamento de células únicas (Single-Cell sequencing), nosso grupo tem estudado como determinadas populações celulares no microambiente tumoral influenciam a progressão tumoral, assim como o tipo de resposta immune predominante, através da predição de antígenos, avaliação dos repertórios de receptores TCRs e BCRs, paineis de moléculas imunomoduladoras, entre outros. Investigamos também o papel de moléculas como miRNAs que são liberadas através de vesículas extracelulares como um mecanismos de mediação da sinalização parácrina entre as células. Eles têm um papel importante na regulação das vias celulares em células-alvo, modulando vários processos relacionados à progressão tumoral e metástase, como angiogênese, escape imune, transição epitélio-mesenquimal, invasão e resistência a múltiplas drogas.

Publicações relacionadas:

  • Jorge, N.A.N., Cruz, J.G.V., Pretti, M.A.M., Bonamino, H.M., Possik, A.P., Boroni, M. Poor clinical outcome in metastatic melanoma is associated with a microRNA-modulated immunosuppressive tumor microenvironment. J Transl Med 18, 56, 2020. https://doi.org/10.1186/s12967-020-02235-w

  • Pretti, M. A. M. ; Bernardes S. ; Cruz, J. G. V. ; Boroni, M. ; Possik, P. A. . Extracellular vesicle-mediated crosstalk between melanoma and the immune system: impact on tumor progression and therapy response. Journal of Leukocyte Biology, v. 108, p. 1, 2020. http://dx.doi.org/10.1002/JLB.3MR0320-644R

  • Pereira, M B ; Barros, L R C ; Bracco, P A ; Vigo, A ; Boroni, M ; Bonamino, M H ; Lenz, G. Transcriptional characterization of immunological infiltrates and their relation with glioblastoma patients overall survival. OncoImmunology, v. 01, p. e1431083, 2018. https://doi.org/10.1080/2162402X.2018.1431083

  • Barros, L. R. C. ; Souza-Santos, P. T. ; Pretti, M. A. M. ; Vieira, G. F. ; Bragatte, M. A. S. ; Mendes, M. F. A. ; De Freitas, M. V. ; Scherer, N. M. ; De Oliveira, I. M. ; Rapozo, D. C. M. ; Fernandes, P. V. ; Simão, T. A. ; Soares-Lima, S. C. ; Boroni, M. ; Ribeiro Pinto, L. F. ; Bonamino, M. H. High infiltration of B cells in tertiary lymphoid structures, TCR oligoclonality, and neoantigens are part of esophageal squamous cell carcinoma microenvironment. Journal of Leukocyte Biology, v. 12, p. 1e, 2020. http://dx.doi.org/10.1002/jlb.5ma0720-710rrr