これまでに開発・公開したソフトウェア一覧と説明を記載しています。
ROCKET
(低分子RNAの試験管内転写用の鋳型DNA設計ソフトウェア)
RNAを試験管内で合成する際、鋳型となるDNAをもとにT7 RNAポリメラーゼを利用して、RNAを合成します。このソフトウェアは、鋳型となるDNAを作成するためのオリゴDNAを熱力学的パラメーターと構造計算によって合理的に設計します。当研究室で、低分子RNA(特にtRNA)を作製する際に使用しています。
Publication: https://rnajournal.cshlp.org/content/30/6/710.long
2. tRNA Structure-seq
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