Pythonくらぶ

当研究室の新たな試みとして、実践のためのPythonを学習する「Python club」を、発起人藤田を筆頭に2022年に立ち上げました。生化学とプログラミング。一見つながりが薄いのでは？とお思いになられる方もおられるかもしれませんが、実は案外、心強い味方になってくれます。たくさんのデータを整理して必要な情報を算出してくれたり、RNAのデザインを迅速に行ってくれたり、スマートフォンで取り込んだ画像をパソコンのデバイスへ転送してくれたり…何分専門ではないため、メンバーも四苦八苦してます。しかしながら、堀研究室のPython clubは、生化学と生物情報学の統合を目標に、皆で少しずつ前進しております。　

Pythonくらぶの意義

私たちの業前は、プログラムを生業としておられる方々には及ぶべくもありませんが、それなりのプログラムであれば、コンピューターとやる気があれば、専門でなくとも案外できてしまいます。Pythonの専門書やwebサイトも充実しており、実はPythonプログラミングは、意外ととっつきやすい分野なのです。(ゲームだとかソフトウェアようなものは個人では難しいと思われますが…)　対して「化学実験」は「よし！実験しよう！」と思い立って始めることは非常に難しく、大学や研究所といった、危険や試薬の取り扱いが許可されていてかつ、大規模な予算を使うことができる組織に属していることが前提で、実験をできる機会というのは人生においても非常に限られているのです。そういった意味でも、生化学の分野を専門として、二の太刀としてPythonを勉強してみる、という当研究室の方針は、プログラム専門の研究室や化学専門の研究室にない強みになりうるのではないかと思います。事実、私たちは、RNA調製に関する独自のPythonソフトウェアを開発し、生化学実験に応用することで、これまでになかったレベルでのRNA調製を安定的に行うことができるようになりました。そういった独自のPythonソフトウェアは、積極的に論文として発表したいと考えています。

また、当研究室でメンバーが頑張って書いたPythonスクリプトをGitHub　(いろいろな人たちがプログラムを公開し意見交換などをするwebページです。)　に公開しています（GitHubへのリンク）

こちらのリンクにいくつか私たちが描いたコードをまとめたページがあります。

ぜひ訪れてみてください。

Pythonくらぶの成果

1. Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA 

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami

RNA 2024年2月29日