日本軍は広域に占領地を拡大すると、各地に兵力を分散させることとなり、補給線は伸び補給が滞った。伸びた補給線上の拠点には数百人づつの兵が置かれるが、この程度の兵力では、各地で起こった義兵に兵力で劣り、しばしば苦戦する事態が見受けられるようになる。 この問題に対処するため諸将は漢城で会議を開き、占領地拡大策を停止し、主要都市と補給路上に兵力を集中する方針に切り替えた。しかし補給の滞りは解消されず各地で兵糧不足に悩まされた。
出征軍兵士のほとんどは温暖な西日本出身であり、冬になると寒気に悩まされ、また疾病が多く起こり戦闘よりも病気により多くの兵が失われた。
十二月十日頃の釜山～漢城間の配置
漢城 増田長盛、石田三成、大谷吉継
陽智 中川秀成、宇喜多秀家
竹山 福島正則
忠州 蜂須賀家政、生駒親正
聞慶 長宗我部元親
咸昌 長宗我部元親
尚州 戸田勝隆
善山 宮部長煕
仁同 木下重堅、南條元清
大丘 稲葉貞通、斎村広道、明石則実
密陽 別所吉治、岐阜衆（旧豊臣秀勝臣下か）
東萊 岐阜衆（旧豊臣秀勝臣下か）
釜山 百々三郎左衛門（百々綱家と同一人物か？）、三輪五右衛門（旧豊臣秀勝臣下）
十二月十日付朱印状『鍋島直茂譜考補』より
初期の義兵
慶尚道：郭再祐 鄭仁弘
全羅道：高敬命（第一次錦山城の戦いで戦死） 金千鎰（第二次晋州城の戦いで戦死）
忠清道：趙憲（第二次錦山城の戦いで戦死）
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