Embedded Files
Lecture 11: Modern Genomics, next-generation sequencing and "big-data" biologyTaking the ENCODE Project as starting point we will be discussing topics related to the era of big-data in Biology. We will start with an introduction on next-generation sequencing methodologies and how these are re-shaping the way we look at biology. In the following we will be discussing how big volumes of data may be accessed and integrated in new analyses.
Περίληψη
Το συγκεκριμένο μάθημα πραγματεύεται μερικές από τις νεότερες εξελίξεις στον τομέα της σύγχρονης μοριακής βιολογίας κάτω από το ενοποιητικό πρίσμα της ανάλυσης δεδομένων. Ολοένα και περισσότερες συμβατικές πειραματικές προσεγγίσεις αντικαθίστανται από μεθοδολογίες μεγάλης κλίμακας μέσω των τεχνικών αλληλούχισης νέας γενιάς. Η βιολογία έτσι περνά σταδιακά στην εποχή των μεγάλων δεδομένων (big data). Μετά από μια αρχική εισαγωγή στις τεχνικές αλληλούχισης και γονιδιωματικής μεγάλης κλίμακας καθώς και στα είδη των δεδομένων που αυτές παράγουν, θα επικεντρωθούμε στην περιγραφή των βασικότερων προβλημάτων της σύγχρονης γονιδιωματικής όπως η χαρτογράφηση μεγάλου αριθμού αλληλουχιών, ο προσδιορισμός σημείων πρόσδεσης πρωτεϊνών στο DNA και η διαμερισματοποίηση του γονιδιώματος σε διακριτές περιοχές με βάση συγκεκριμένες ιδιότητες.
Στο τέλος του μαθήματος θα πρέπει να μπορείτε:
- Να περιγράψετε το βασικό πρωτόκολο για τη διενέργεια ενός πειράματος αλληλούχισης νέας γενιάς.
- Να αναφέρετε τις σημαντικότερες μεθοδολογίες γονιδιωματικής ανάλυσης μεγάλης κλίμακας.
- Να απεικονίσετε δεδομένα γονιδιωματικών αναλύσεων σε γονιδιωματικούς φυλλομετρητές (Genome Browsers)
- Να αναπαραστήσετε μια αλληλουχία με μορφή δέντρου καταλήξεων και να χρησιμοποιήσετε αυτή τη δομή δεδομένων για την αναζήτηση υπο-αλληλουχιών.
- Να περιγράψετε τη δημιουργία δικτύων μεταγραφικής ρύθμισης με δεδομένα από μελέτες σε γονιδιωματική κλίμακα.
Διαβάστε το αντίστοιχο Κεφάλαιο
11. Βιολογία Μεγάλων Δεδομένων
Και δείτε την αντίστοιχη Διάλεξη
11. Βιολογία Μεγάλων Δεδομένων
Δείτε τα σχετικά βίντεο
Εισαγωγή στην βιολογία των μεγάλων δεδομένων
Μετασχηματισμός Αλληλουχιών σε Δέντρα Καταλήξεων (Suffix Trees)
Google Sites
Report abuse