Lecture 08: Functional analysis of Gene Expression
This chapter is dedicated to the functional study of genes and gene expression. We will be discussing notions related to gene ontology and pathway ontology classifications, means of enrichment analysis and relevant methodologies to address the functional profile of a given gene expression experiment.
Περίληψη
Το μάθημα αυτό αποτελεί φυσική συνέχεια του αμέσως προηγούμενου, παρουσιάζοντας την ανάλυση πειραμάτων γονιδιακής έκφρασης σε λειτουργικό επίπεδο. Οι βασικές βιολογικές έννοιες στη συγκεκριμένη διάλεξη θα περιλαμβάνουν τις διαφόρων τύπων οργανώσεις σημασιολογικής πληροφορίας όπως οι βιολογικές οντολογίες και τα βιολογικά μονοπάτια. Επίκεντρο του μαθήματος θα είναι το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα να προσδιοριστούν οι διαφορικά ρυθμιζόμενες βιολογικές λειτουργίες από ένα πείραμα γονιδιακής έκφρασης. Αφού εισαχθούν οι βασικές μαθηματικές έννοιες του εμπλουτισμού και των λόγων πιθανοτήτων (odds-ratios) θα περιγραφεί μεθοδολογικά η διαδικασία της λειτουργικής ανάλυσης μέσω της χρήσης της υπεργεωμετρικής κατανομής. Στη συνέχεια θα αναλυθούν οι σημαντικές έννοιες, τόσο για τη λειτουργική ανάλυση όσο και για τη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης γενικότερα, του ελέγχου πολλαπλών υποθέσεων και τις σχετικές διορθώσεις των αποτελεσμάτων. Στο τελευταίο μέρος του μαθήματος θα παρουσιαστούν οι σημαντικότερες κατηγορίες υπολογιστικών μεθοδολογίων για τη λειτουργική ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης.
Στο τέλος του μαθήματος θα πρέπει να μπορείτε:
Διαβάστε το αντίστοιχο Κεφάλαιο
08. Λειτουργική Ανάλυση της Γονιδιακής Έκφρασης
Και δείτε την αντίστοιχη Διάλεξη
08. Λειτουργική Ανάλυση της Γονιδιακής Έκφρασης (διάλεξη)
Δείτε τα σχετικά βίντεο
Τι είναι η "Λειτουργική Ανάλυση";