08. Functional analysis of gene expression

Περίληψη

Το μάθημα αυτό αποτελεί φυσική συνέχεια του αμέσως προηγούμενου, παρουσιάζοντας την ανάλυση πειραμάτων γονιδιακής έκφρασης σε λειτουργικό επίπεδο. Οι βασικές βιολογικές έννοιες στη συγκεκριμένη διάλεξη θα περιλαμβάνουν τις διαφόρων τύπων οργανώσεις σημασιολογικής πληροφορίας όπως οι βιολογικές οντολογίες και τα βιολογικά μονοπάτια. Επίκεντρο του μαθήματος θα είναι το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα να προσδιοριστούν οι διαφορικά ρυθμιζόμενες βιολογικές λειτουργίες από ένα πείραμα γονιδιακής έκφρασης. Αφού εισαχθούν οι βασικές μαθηματικές έννοιες του εμπλουτισμού και των λόγων πιθανοτήτων (odds-ratios) θα περιγραφεί μεθοδολογικά η διαδικασία της λειτουργικής ανάλυσης μέσω της χρήσης της υπεργεωμετρικής κατανομής. Στη συνέχεια θα αναλυθούν οι σημαντικές έννοιες, τόσο για τη λειτουργική ανάλυση όσο και για τη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης γενικότερα, του ελέγχου πολλαπλών υποθέσεων και τις σχετικές διορθώσεις των αποτελεσμάτων. Στο τελευταίο μέρος του μαθήματος θα παρουσιαστούν οι σημαντικότερες κατηγορίες υπολογιστικών μεθοδολογίων για τη λειτουργική ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης.

Στο τέλος του μαθήματος θα πρέπει να μπορείτε:

• Να αποκομίσετε από το διαδίκτυο πληροφορίες σχετικά με τις λειτουργίες ενός ή περισσοτέρων γονιδίων.
• Να προσδιορίσετε τις λειτουργίες εκείνες που είναι σημαντικότερες για ένα δεδομένο πείραμα μέσω της ανάλυσης των σχετικών επιπέδων έκφρασης των γονιδίων.
• Να αξιολογήσετε στατιστικά τα αποτελέσματα μιας λειτουργικής ανάλυσης διενεργώντας έλεγχο πολλαπλών υποθέσεων.