Церковь Евангельских христиан-баптистов в Таганроге организована в 1900 выходцами из православной церкви. В 1900-1901 состояла из 10 человек, в 1905 насчитывала уже около 50 членов.
Верующие арендовали большой зал (ныне ул. Александровская). В том же году положено начало хоровому служению. К 1917 насчитывалось 130 человек, служение распространялось и в окрестных деревнях.
В 1930-х Церковь подверглась массовым гонениям. С 1942 богослужения проводятся регулярно. Несмотря на все трудности, в 1950-е Церковь Евангельских христиан - баптистов продолжает расти.
В 1959 в общине Е.х.-б. г. Таганрога был создан один из лучших в области церковный хор. В 1963 был приобретен старый дом, который ранее использовался в качестве складского помещения. После капремонта здесь начали проводить регулярные богослужения. В настоящее время Церковь Евангельских христиан - баптистов Таганрога насчитывает более 400 членов. Проводятся богослужения (4 раза в неделю), работают Библейские курсы, воскресная школа для детей, имеется библиотека христианской литературы, летний детский христианский лагерь «Вифания», детский христианский центр «Тропинка». Ц. Е.х.-б. находится по адресу: 2-й переулок, 40.