Python上からシェルのコマンドを実行したい場合は、"os"モジュールを使えば可能。
（他に推奨されているモジュールがあったような気もするが）
例えばbashコマンドを使ってディレクトリを作成したい場合は、pythonスクリプトで
>> import os
>> outdir = 'xxx'
>> os.system('mkdir -p '+outdir)
とすれば"xxx"というディレクトリを作成できる。
同様にos.system()を使えばbash上でインストールした各種コマンドも実行可能。