実習後半では、配布したプラスミドを制限酵素で切断し、その切断パターンから
それぞれのプラスミドに挿入されている遺伝子が何か、推測します。
今回の実習で使用可能な制限酵素は、BamHI, BglII, NdeI, NotI, SalIです。
（クローニングベクターには、これらの酵素の認識配列はありません。）
それぞれの制限酵素が認識し切断する塩基配列は以下の通りです。
BamHI 5' GGATCC 3'
BglII 5' AGATCT 3'
NdeI 5' CATATG 3'
NotI 5' GCGGCCGC 3'
SalI 5' GTCGAC 3'
調べる方法ですが、
(1) 各遺伝子の塩基配列をダウンロードしてWordで開き、上の塩基配列で検索する。
(2) タカラバイオ株式会社が提供している無料ツールを利用する。
（↑クリックするとリンクします）
＃使い方
(1) 調べたいDNA塩基配列をTakara Cut-Site Navigatorの「Sequence」へ
ペーストします。
(2) Enzyme Selectをクリックすると、制限酵素の一覧が出てくるので
調べたい制限酵素を選択する（複数可)
(3) Outputを選択
Enzyme Listを選択すると、選択した制限酵素が切断する位置をテキスト情報で返す
（例えば、BamHIは322番目の塩基で切断する、など）
Sequenceを選択すると、(1)でペーストした塩基配列が制限酵素切断部位とともに表示される。
Cutting Imageを選択すると、選択した制限酵素が切断する位置を模式図で返す。
Rep1N全長で調べると，挿入配列がない空ベクターの各制限酵素サイトの場所の情報を得ることができます。