実習後半では、配布したプラスミドを制限酵素で切断し、その切断パターンから
それぞれのプラスミドに挿入されている遺伝子が何か、推測します。
今回の実習で使用可能な制限酵素は、BamHI, BglII, NdeI, NotI, SalIです。
（クローニングベクターには、これらの酵素の認識配列はありません。）
それぞれの制限酵素が認識し切断する塩基配列は以下の通りです。
BamHI 5' GGATCC 3'
BglII 5' AGATCT 3'
NdeI 5' CATATG 3'
NotI 5' GCGGCCGC 3'
SalI 5' GTCGAC 3'
PstI:CTGCAG
EcoRI: GAATTC
HindIII: AAGCTT
調べる方法ですが、
(1) 各遺伝子の塩基配列をダウンロードしてWordで開き、上の塩基配列で検索する。
(2) タカラバイオ株式会社が提供している無料ツールを利用する。
（↑クリックするとリンクします）
＃使い方
(1) 調べたいDNA塩基配列をTakara Cut-Site Navigatorの「Sequence」へ
ペーストします。
(2) Enzyme Selectをクリックすると、制限酵素の一覧が出てくるので
調べたい制限酵素を選択する（複数可)
(3) Outputを選択
Enzyme Listを選択すると、選択した制限酵素が切断する位置をテキスト情報で返す
（例えば、BamHIは322番目の塩基で切断する、など）
Sequenceを選択すると、(1)でペーストした塩基配列が制限酵素切断部位とともに表示される。
Cutting Imageを選択すると、選択した制限酵素が切断する位置を模式図で返す。
Rep1N全長で調べると，挿入配列がない空ベクターの各制限酵素サイトの場所の情報を得ることができます。