集団遺伝解析
・Arlequin
GeneAlexでArlequinのファイルを作る。拡張子をarpにし、ファイルをdesktopなどに置く（OnedriveやGoogle driveにおくとファイルを読み込んでくれない）。
Open project→.arpファイルを選ぶとデータが開かれる。
Setting→必要な解析メニューを選んでいく。
Alrequin configulation…デフォルトのままでOK
Startボタンで解析スタート。
resultsのフォルダはarpファイルのディレクトリに作られる。htmファイルはIEで開いて、結果を見る（ChromeやMicrosoft Edgeでは結果が見れない）
・Colony (parentage analysis, sibship analysis)
Parameters
Matying System-I: Monogamy 一夫一婦, Polygamy 複婚。
例えば、繁殖期ごとでadult個体が繁殖相手を変えていても、一つの繁殖期内では一夫一婦でサンプルのoffspringが一つの繁殖期で生まれたものだけを対象にしていたらMonogamy.
もし、一つの繁殖期内では一夫一婦でもサンプルのoffspringが複数の繁殖期で生まれたものを対象にしていたらPolygamy.
Matying System-II: Without or with inbreeding HWE平衡が満たされているかどうか（近親交配かどうか）。
Dioecious【雌雄異体】の場合で近親交配の強い証拠がない限りは、Without inbreedingに設定
Species: Dioecious【雌雄異体】or Monoecious【雌雄同体】
Diploid【2倍体】or Haplo Diploid【半倍数性】
Length of Run: Mediumがデフォ
Analysis method: full likelihood, FL; pairwise-likelihood score, PLS; FL and PLS combined, FPLS; pure pairwise likelihood, PPL
正確性はFL>FPLS>PLS>PPL
時間がかかるけどFull-Likelihoodがデフォ
Likelihood precision: このオプションはFLとFPLSで、maleとfemale両方ともがPolygamyのときのみ発動
Update allele frequency: これをYesにすると時間がかかる。family sizeがサンプルサイズに比べてかなり大きいと予想される場合でない限りこのオプションは使わない。
Sibship size scaling:
・DDBJ登録
環境DNAのシーケンスデータの登録
DDBJのウェブサイト（https://www.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html#dra-submission）に
DRA（DDBJ Sequence Read Archive）登録の手順が載っているので、これに倣って登録する。
・次世代シーケンス ファイル処理
seqkit (https://bioinf.shenwei.me/seqkit/) の利用
Windows 64-bitバージョンをインストール
For windows, just copy seqkit.exe to C:\WINDOWS\system32.
コマンド
・produce an overview of FASTQ files
seqkit stat *.gz
・改行ありを改行なしに
seqkit seq -w 0 input.fa > output.fa
seqkit seq -w 0 NC_002813_Trachurus_japonicus.fa > Trachurus_japonicus.fa
seqkit seq -w 0 NC_003188_Beryx_splendens.fa > Beryx_splendens.fa
seqkit seq -w 0 NC_003196_Pagrus_major.fa > Pagrus_major.fa
seqkit seq -w 0 NC_013725_Scomber_australasicus.fa > Scomber_australasicus.fa
seqkit seq -w 0 NC_013723_Scomber_japonicus.fa > Scomber_japonicus.fa
seqkit seq -w 0 NC_009857_Parapristipoma_trilineatum.fa > Parapristipoma_trilineatum.fa
・アンプリコン領域をチェック
URL:https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#amplicon
seqkit amplicon -F ccc -R ttt
#パイプを使う場合（catはそのファイルを指定して中身を見たりに使う）
cat input.fa | seqkit amplicon -F ccc -R ttt
＊MiFishプライマーは魚類の12s rRNA regionにつく部分は後半の部分（NNNNNの後）、前半は2ndPCRのプライマーをくっつける部分
MiFish-U-forward:
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
MiFish-R-reverse
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTNNNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
tsvファイル
p1 ACCTGCCCCCTCCAATATCT GCGAGGAATAGTCCCGTGAG
EX.
cat Beryx_splendens.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Parapristipoma_trilineatum.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Scomber_japonicus.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Scomber_australasicus.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Pagrus_major.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Trachurus_japonicus.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Etrumeus_teres.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Engraulis_japonicus.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Sardinops_melanostictus.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
cat Sardinops_melanostictus.fa | seqkit amplicon -p MiFish_primer.tsv -m 5 --bed
・Migraine
基本的にコマンドプロンプトやAnaconda promptで動かす
サイト(https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Migraine.htm)からDLして、migraineWin64.tar.gz. をLhaplus (ラプラス) などで解凍する。
migraine.exeと同じフォルダにmigraine.txt（設定が書いてある）とデータ（GenePopの形式）を置く。
（コマンドプロンプト）
cd Documents\Drivers\migraineWin64