เมื่อไฮดราเติบโตเต็มที่จะสืบพันธุ์ได้ทั้งแบบมีเพศ ซึ่งมักจะเกิดในสภาวะขาดแคลนอาหาร และไม่มีเพศคือ แตกหน่ออย่างรวดเร็วถ้ามีอาหารสมบูรณ์ โดยหนึ่งตัวอาจแตกหน่อได้ 1 หน่อหรือหลายหน่อ มักพบเข็มพิษมีอยู่มากมายบนหนวดมากกว่าตามลำตัว
ดังนั้น ไฮดราจึงมีระบบสืบพันธุ์ 2 ระบบ
1. การสืบพันธุ์แบบไม่มีเพศ โดยไฮดราจะแตกหน่อ (Budding) โดยผนังข้างลำตัวจะพองโตออกไปเป็นตัวใหม่ ตรงปลายจะมีหนวดเกิดขึ้น Enteron ภายในหน่อก็จะติดต่อถึงกัน ต่อมาตรงรอยต่อจะคอดเข้า จน Enteron ขาดออกจากกัน และตัวไฮดราใหม่จะมีปากเกิดขึ้นแล้วจึงหลุดออกจากตัวเดิมหากินตามอิสระได้ ถ้าอาหารสมบูรณ์มากๆ ไฮดราหนึ่งตัวอาจแตกหน่อมากกว่าหนึ่งหน่อก็ได้
2. การสืบพันธุ์แบบมีเพศ โดยการสร้างรังไข่ (ovary และ testis) ซึ่งอาจเกิดอยู่ภายในตัวเดียวกันหรือคนละตัวก็ได้แล้วแต่ชนิด โดยทั้ง ovary และ testis เติบโตมาจาก Interstitial cell ของชั้น ectoderm