性別平等教育的課程目標，主要著重於認知、情意、行動三層面。在認知面，藉由瞭解性別意涵、性別角色的成長與發展，來探究性別與社會文化的關係；在情意面，發展正確的性別觀念與價值評斷；在行動面，培養批判、省思與具體實踐的行動力。整合三個層面，可以推衍出以下六項課程目標：

1. 瞭解性別角色發展的多樣化與差異性。

2. 瞭解自己的成長與發展，並突破性別的限制。

3. 表現積極自我觀念，追求個人的興趣，並發展長處。

4. 消除性別歧視與偏見，尊重社會多元化現象。

5. 主動尋求社會資源及支援系統，建構性別平等之社會。

6. 建構不同性別和諧、尊重、平等的互動模式。

性別平等教育能力指標的建構，延續原來兩性教育課程綱要，依據十大基本能力與三大主題軸發展而來，在知識的概念分析上，除了根據三大主題軸(性別的自我瞭解、性別的人我關係、性別的自我突破)的知識內涵，羅列國中小學生應學習的主要概念與次要概念之外，同時呈現概念間的關係，試圖建構性別平等教育整全的課程架構。至於，出現在概念架構表上的次要概念，則再依學生不同階段的預期達成能力安置於不同階段之中，並以此發展能力指標；能力指標之敘寫，不僅考量各階段學生應學習之性別平等教育內容目標外，同時完整呈現認知、情意與行動等整體能力指標。此能力指標之概念架構意圖與後期中等學校性別平等教育的能力指標做有效銜接，以期使學生在國小至國中階段性別平等教育的學習能有效的縱向與橫向之銜接。