京都大学 生命科学研究科
生態進化学 研究室
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生物間相互作用の自然史から生命科学と情報科学の融合へ
生物間相互作用の自然史から生命科学と情報科学の融合へ
- 複雑生命システムの駆動原理を探る -
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新着情報
2026/05/08 生物群集の構造が分岐する現象に関する林さん（博士課程）の論文が出版されました（京大HPプレスリリース）。
Hayashi I, Sánchez-Pinillos M, Toju H (accepted) Stochastic forces in microbial community assembly: founding community size governs divergent ecological trajectories. Ecology Letters [Link]
2026/04/17 講談社ブルーバックスから「京大理系の科学入門 「すごい研究」はこうして生まれる」が出版されます。第一章（1-2）で本研究室がインタビューされています。
2026/04/11 微生物群集の安定性に関する総説論文の受理原稿が公開されました（京大HPプレスリリース）
Toju H, Suzuki S, Sánchez-Pinillos, M, Shima G, Kageyama T, Hayashi I, Noguchi M, Fujita H, Goto Y, Nakaoka S, Ushio M, Ichihashi Y, Fricke WF, Mizumoto K, Takayasu L, Suda W, Takayasu M, Yamamichi M, Weckwerth W. (in press) Microbiome assembly statistics toward ecosystem-scale insights, forecasting, and management. The ISME Journal [Link]
2026/04/01 李知彦さん（学振PD）、井上京大さん（修士課程）、林奈緒美さん（事務補佐員）が研究室に加わりました。
2026/03/25 新しい次世代シーケンサー（Illumina MiSeq i100 Plus）を研究室に導入しました。研究室で進めている魚類腸内細菌叢の野外調査対象にちなんで、「サヨリちゃん」と名付けました。
2026/03/13 Alberto Canariniさんとの共同研究の論文が出版されました。
Canarini A, Mariotte P, Carrillo Y, Ochoa-Hueso R, Bougoure J, Vasileiadis S, Anderson IC, Dijkstra FA, Richter A, Toju H, Donner E, Power SA, Drigo B (2026) Enhanced belowground functioning is associated with higher plant resistance against drought: implications for ecosystem functions. Journal of Ecology [Link]
2025/11/10 野口幹仁さんの論文原稿をプレプリント公開しました。
Noguchi M, Suzuki K, Fujita H, Toju H (submitted) Statistical inference of keystone taxa reshaping the assembly rules of forest root microbiomes. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-7962497/v1
過去のお知らせは こちら から。
代表論文
Toju H, Suzuki S, Sánchez-Pinillos, M, Shima G, Kageyama T, Hayashi I, Noguchi M, Fujita H, Goto Y, Nakaoka S, Ushio M, Ichihashi Y, Fricke WF, Mizumoto K, Takayasu L, Suda W, Takayasu M, Yamamichi M, Weckwerth W. (in press) Microbiome assembly statistics toward ecosystem-scale insights, forecasting, and management. The ISME Journal [Link]
Hayashi I, Sánchez-Pinillos M, Toju H (accepted) Stochastic forces in microbial community assembly: founding community size governs divergent ecological trajectories. Ecology Letters [Link]
Fujita H, Yoshida S, Suzuki K, Toju H (2025) Alternative stable states of microbiome structure and soil ecosystem functions. Environmental Microbiome 20:28 [Link]
Suzuki SS, Baba YG, Toju H (2023) Dynamics of species-rich predator–prey networks and seasonal alternations of core species. Nature Ecology & Evolution 7:1432-1443 [Link] [Online-only full text]
Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (2023) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]
Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (2023) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]
Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome 11:53. [Link]
Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome 11:53. [Link]
Toju H, Yamamichi M, Guimarães PR Jr, Olesen JM, Mougi A, Yoshida T, Thompson JN (2017) Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. [Link]
Toju H, Yamamichi M, Guimarães PR Jr, Olesen JM, Mougi A, Yoshida T, Thompson JN (2017) Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. [Link]
その他の論文は 業績リスト をご覧ください。
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