10/1より、東樹宏和が京都大学生命科学研究科に移籍しました。

今後、京都大学生命科学研究科で大学院生や博士研究員の募集をしていくことになります。

研究室の新しい正式名称は、以下です。

京都大学 大学院 生命科学研究科 統合生命科学専攻 環境応答制御学 生態進化学分野

科学技術振興機構（JST）の戦略的創造研究推進事業（CREST）に採択されました。

研究領域:　「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新」（通称バイオDX）

採択課題名：　「多種生命システムの安定化と機能最適化を 実現する融合科学の創生」

研究代表者：　東樹宏和

50種のクモ1500個体の餌内容分析から約1000種を含む食物網構造の動態を解明した論文が出版されました。鈴木さん、おめでとう！　

Suzuki SS, Baba YG, Toju H (2023) Dynamics of species-rich predator–prey networks and seasonal alternations of core species. Nature Ecology & Evolution. [Link] [Online-only full text]

50種のクモ1500個体の餌内容分析から約1000種を含む食物網構造の動態を解明した論文が受理されました。鈴木さん、おめでとう！　雑誌名はまだ内緒です。

Suzuki SS, Baba YG, Toju H (accepted) Dynamics of species-rich predator–prey networks and seasonal alternations of core species. https://doi.org/10.1101/2022.10.16.512452

微生物間の相互作用ネットワークの構造とその動態をショットガン・メタゲノミクスで推定した藤田博昭さんの論文が出版されました。おめでとう！

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Yusuke Okazaki, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (accepted) Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamics. Frontiers in Microbiology 14:1153952.  [Link]

微生物叢の代替安定状態を決める決定論的機構と確率的機構に関する実験成果をまとめた論文をレポジトリ公開しました。

Hayashi, Fujita H, Toju H (submitted) Deterministic and stochastic processes generating alternative states of microbiomes. https://doi.org/10.1101/2023.04.03.535343  

微生物群集の時系列動態に関する論文が出版されました。藤田さん、おめでとう！

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (accepted) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]

ウナギ微生物叢の時系列動態に関する論文が出版されました。矢島さん、おめでとう！

Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome. 11:53. [Link]

矢島大意さん（2021年度修士課程卒業）のウナギ養殖水槽の微生物叢動態に関する論文がMicrobiome誌に受理されました。魚類と関わる約1系統/種の細菌・アーキアの中から、宿主の健康に大きな影響を及ぼす可能性のあるものを選び出しました。

Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (accepted) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome. preprint on the bioRxiv repository:  https://doi.org/10.1101/2022.09.11.507499

藤田博昭さんの微生物叢時系列動態に関する論文がMicrobiome誌に受理されました。生物群集の安定性指標をもとに、極端な種組成の変化（群集崩壊）を予測できることを実証データをもとに示した世界初の成果です。

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (accepted) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome. preprint on the bioRxiv repository:  https://doi.org/10.1101/2022.08.23.505041

以下のプレプリントを公開しました。

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Yusuke Okazaki, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H,  Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamics. https://doi.org/10.1101/2023.01.19.524804

上記を含め、現在、以下の論文原稿をbioRxivレポジトリで公開しています。

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (submitted) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. https://doi.org/10.1101/2022.08.23.505041

Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (submitted) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. https://doi.org/10.1101/2022.09.11.507499

Fujita H, Yoshida S, Suzuki S, Toju H (submitted) Stable states and keystone species in soil microbiomes of agroecosystems. https://doi.org/10.1101/2022.08.23.505048

Suzuki SS, Baba YG, Toju H (submitted) Dynamics of species-rich predator–prey networks and seasonal alternations of keystone species. https://doi.org/10.1101/2022.10.16.512452

Toju H, Suzuki SS, Baba YG (submitted) Dynamics of interaction networks and species’ contributions to community-scale flexibility. https://doi.org/10.1101/2022.12.11.519979

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Yusuke Okazaki, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (submitted) Metagenomic niche overlap and community collapse in microbiome dynamics. https://doi.org/10.1101/2023.01.17.524457

Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Yusuke Okazaki, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H,  Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamics. https://doi.org/10.1101/2023.01.19.524804

東樹宏和さんが執筆したコラム記事 " 生物種間の相互作用と土壌生態系" がムーンショットプログラム "微生物による地球冷却" のHPで公開されました。

https://dsoil.jp/cool-earth/column/detail/---id-56.html

東樹宏和さんが10月31日の朝日新聞夕刊でシギゾウムシについてコメントをしました。

https://www.asahi.com/articles/ASPBX5CRKPBSPLBJ002.html

アムステルダム自由大学のE. Toby Kiersさんらと進めているHuman Frontiers Science ProgramのプロジェクトがNature Methods誌で紹介され、東樹宏和さんのインタビューも掲載されました。

Exploring the diverse, intimate lives of plants

https://doi.org/10.1038/s41592-021-01228-x

2021年10月から研究生として平田和音さんがメンバーに加わりました。

「「1+1=2」じゃない共生の世界 −2種の菌が植物にもたらす相乗効果と相殺効果−」

https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2021-09-17

Hori, Y., Fujita, H., Himura, K., Narisawa, K. and Toju, H. (2021), Synergistic and Offset Effects of Fungal Species Combinations on Plant Performance. Front. Microbiol. 12:713180. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.713180

2021年8月7日（日）　13時～

京都府立大学 新自然史科学創生センター設立記念シンポジウム

新自然史科学を創生する　〜Unlimited な自然史科学を目指して〜

東樹　宏和 （京都大学生態学研究センター）

「むし・きのこ・植物：生物どうしのつながりを読み解く科学」

https://www.kpu.ac.jp/contents_detail.php?co=new&frmId=8488

堀 淑恵さんらの論文がbioRxivで公開されました。

Synergistic and offset effects of fungal species combinations on plant

performance

Yoshie Hori, Hiroaki Fujita, Kei Hiruma, Kazuhiko Narisawa, Hirokazu Toju

https://doi.org/10.1101/2021.05.09.443080

東樹宏和准教授がメンバーとして参加しているムーンショット型研究開発制度「微生物による地球冷却」のホームページが開設されました。

このプロジェクトでは資源循環の最適化による農地由来の温室効果ガスの排出削減を目標とします。

https://dsoil.jp/

京都大学「K.U. RESEARCH 未踏領域への挑戦」に東樹准教授のインタビューが掲載されました。

生態学にネットワーク理論の手法を掛け合わせた先駆的研究の裏話から、東樹准教授のキノコ好きの話、そしてこれからの研究の終着点にまつわるビジョンなどなど。興味深いお話が掲載されています。

K.U.RESEARCH 未踏領域への挑戦 Vol.20 持続可能な生態系を設計する。DNA情報とネットワーク科学が拓く生物多様性科学のフロンティア

https://research.kyoto-u.ac.jp/documentary/d020/

鈴木紗也華さんが

第68回日本生態学会 ポスター賞 最優秀賞「節足動物群集のDNAメタバーコーディングから被食ー捕食ネットワークの季節動態へ」

第65回日本応用動物昆虫学会 ポスター賞「DNAメタバーコーディングを用いた草原性クモ群集の被食ー捕食ネットワークの季節変動と種特異性の評価」

を受賞しました。

日本生態学会第68回全国大会で東樹宏和准教授と藤田博昭さんがシンポジウム発表をしました。

東樹宏和准教授「食物網、共生ネットワーク、そして生態系の再生へ    Food webs and symbiotic networks: integrated knowledge towards ecosystem restoration」

藤田博昭「Microbiome dynamics における新規 early warnings signal の提案」

多くの生物群集において、少しの摂動により、群集全体のダイナミクスは大きく変化することが知られている。その予兆として、ある個体群動態に「ぶれ」が生じることがあり、そうした「ぶれ」のような予兆を、Early warning signal を呼ぶ。従来のEarly warning signaは個体数のデータから導き出されていた。しかし、本研究により、定量した種間相互作用が、Early warnings signalとなりうることが示唆された。

Alberto Canarini博士が研究室に加わりました。化学生態学のエキスパートです。

新年度に入り、新しいメンバーが研究室に加わりました。

https://sites.google.com/site/ecoltj/home/jpnpage/menberjpn

Suetsugu, K., Taketomi, S., Tanabe, A.S., Haraguchi, T.F., Tayasu, I. and Toju, H. (2020), Isotopic and molecular data support mixotrophy in Ophioglossum at the sporophytic stage. New Phytol, 228: 415-419. https://doi.org/10.1111/nph.16534

東樹准教授らがヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム（HFSP）の「HFSP Awards 2019」を受賞しました。

http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/about/events_news/department/igaku/news/2019/190405_1.html

「草原植物が支える共生微生物の驚くべき多様性を発見 －草原生態系は微生物資源の「銀行」」

http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/190220_1.html

Toju, H., Kurokawa, H. and Kenta, T. (2019), Factors influencing leaf- and root-associated communities of bacteria and fungi across 33 plant orders in a grassland. Front. Microbiol. 10:241. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00241

先端シーズフォーラム「気候変動時代を生きる」～植物と微生物の共生による農業先端技術～

で講演を行います。

https://www.kri.or.jp/news-event/event/20181220_663.html

平成３１年１月２９日（火）１３：３０～１６：３０（１３：００開場・受付開始）

グランフロント大阪 ナレッジキャピタルタワーC棟 7階

大阪イノベーションハブ（大阪市北区大深町3番1号） 

Sato, H. and Toju, H. (2019), Timing of evolutionary innovation: scenarios of evolutionary diversification in a species-rich fungal clade, Boletales. New Phytol, 222: 1924-1935. https://doi.org/10.1111/nph.15698

Toju, H., Okayasu, K. and Notaguchi, M. (2019), Leaf-associated microbiomes of grafted tomato plants. Sci Rep 9, 1787. https://doi.org/10.1038/s41598-018-38344-2

「地下の菌類のネットワークが森林の安定と変化の原動力であることを解明 －なぜ森林ではさまざまな樹木が共存でき、時間とともにその姿を変えるのか－ 」

http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181120_1.html

Kadowaki, K., Yamamoto, S., Sato, H., Tanabe, A. S., Hidaka, A., and Toju, H. (2018), Mycorrhizal fungi mediate the direction and strength of plant-soil feedbacks differently between arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal communities. Communications biology, 1, 196. https://doi.org/10.1038/s42003-018-0201-9

Toju, H., Sato, H., Yamamoto, S. and Tanabe, S, A. (2018), Structural diversity across arbuscular mycorrhizal, ectomycorrhizal, and endophytic plant–fungus networks. BMC Plant Biol, 18, 292. https://doi.org/10.1186/s12870-018-1500-5

サイエンスZERO『さきどり最新科学SP Sayaが手話 AI編集 農業救う菌』

放送： 10月14日（日） Ｅテレ 午後11時30分～ 午前0時00分

再放送：10月20日（土） Ｅテレ 午前11時00分～ 午前11時30分

http://www4.nhk.or.jp/zero/

科学技術振興機構（JST）のJST Newsで、研究が紹介されました。 

https://www.jst.go.jp/pr/jst-news/backnumber/2018/201809/pdf/2018_09_p10-11.pdf

2018年9月22日（土）13：00〜14：30 京都大学百周年時計台記念館にて春秋講義を開催致します。

https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/event/2018-08-01

京都大学ポータルサイトに研究成果が掲載されました。

http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/180628_1.html

京都大学ポータルサイトに研究成果が掲載されました。

http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/180501_2.html

京都大学ポータルサイトに研究成果が掲載されました。

http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/180623_1.html

Kitada, Y., Muramatsu, K., Toju, H., Kibe, R., Benno, Y., Kurihara, S. and  Matsumoto, M. (2018), Bioactive polyamine production by a novel hybrid system comprising multiple indigenous gut bacterial strategies. Science Advances, 4:eaat0062. https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.aat0062

日本列島の多様な菌から農業利用可能なものを選別  〜植物150種と真菌8080系統からなる巨大ネットワーク・データ〜

https://www.jst.go.jp/pr/announce/20180626-2/index.html

京都大学ポータルサイトに研究成果が掲載されました。

https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2018-05-02

持続可能な農業生態系の設計に向けて微生物群集を制御するアイディアに関する論文がNature Plantsで出版されました。基礎科学における革新と人類の未来への貢献の両面において、この分野はその存在感をましていくと予想されます。

Toju, H., Peay, K.G., Yamamichi, M. et al. (2018). Core microbiomes for sustainable agroecosystems. Nature Plants 4, 247–257. https://doi.org/10.1038/s41477-018-0139-4

2018年4月より、大学院生（修士）2名とスタッフ2名が加わり、一気に研究室らしくなりました。

Toju, H and Sato, H. (2018). Root-associated fungi shared between arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal conifers in a temperate forest. Frontiers in Microbiology 9:433. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.00433

Amma, S., Toju, H., Wachrinrat, C., Sato, H., Tanabe, A.S., Artchawakom, T., Kanzaki, M. (2018). Composition and diversity of soil fungi in Dipterocarpaceae-dominated seasonal tropical forests in Thailand. Microbes and Environments, 33, 2, 135-143. https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsme2/33/2/33_ME17168/_html/-char/ja

Toju, H. and Baba, Y.G. (2018). DNA metabarcoding of spiders, insects, and springtails for exploring potential linkage between above- and below-ground food webs. Zoological Lett 4, 4. https://doi.org/10.1186/s40851-018-0088-9

Toju, H., Vannette, R.L., Gauthier, M.P.L., Dhami, M.K. and  Fukami, T. (2018) Priority effects can persist across floral generations in nectar microbial metacommunities. Oikos, 127(3), 345-352. https://doi.org/10.1111/oik.04243

Nature JapanのHPにおいて、東樹准教授へのインタビュー記事が掲載されました。2月にNature Ecology & Evolutionで出版された論文の著者インタビューです。

http://www.natureasia.com/ja-jp/natecolevol/interview/contents/2

Toju, H., Yamamichi, M., Guimarães, P.R. Jr., Olesen, J.M., Mougi, A., Yoshida, T. and  Thompson, J.N. (2017). Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. https://doi.org/10.1038/s41559-016-0024