京都大学 生命科学研究科
生態進化学 研究室
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生物間相互作用の自然史から生命科学と情報科学の融合へ
生物間相互作用の自然史から生命科学と情報科学の融合へ
- 複雑生命システムの駆動原理を探る -
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新着情報
2026/3/25 新しい次世代シーケンサー（Illumina MiSeq i100 Plus）を研究室に導入しました。研究室で進めている魚類腸内細菌叢の野外調査対象にちなんで、「サヨリちゃん」と名付けました。
2026/3/13 Alberto Canariniさんとの共同研究の論文が出版されました。
Canarini A, Mariotte P, Carrillo Y, Ochoa-Hueso R, Bougoure J, Vasileiadis S, Anderson IC, Dijkstra FA, Richter A, Toju H, Donner E, Power SA, Drigo B (2026) Enhanced belowground functioning is associated with higher plant resistance against drought: implications for ecosystem functions. Journal of Ecology [Link]
2025/11/10 野口幹仁さんの論文原稿をプレプリント公開しました。
Noguchi M, Suzuki K, Fujita H, Toju H (submitted) Statistical inference of keystone taxa reshaping the assembly rules of forest root microbiomes. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-7962497/v1
2025/08/01 吴 昌哺さん（博士課程）とHuangfu Yifei（博士課程）さんが研究室に加わりました！
2025/08/12 林息吹さんの論文原稿をbioRxivで公開しました。
Hayashi I, Sánchez-Pinillos M, Toju H (submitted) Stochastic Forces in Microbial Community Assembly: Founding Community Size Governs Divergent Ecological Trajectories. https://doi.org/10.1101/2025.08.09.669462
過去のお知らせは こちら から。
代表論文
Fujita H, Yoshida S, Suzuki K, Toju H (in press) Alternative stable states of microbiome structure and soil ecosystem functions. Environmental Microbiome 20:28 [Link]
Toju H, Suzuki SS, Baba YG. (2024) Dynamics of interaction networks and species’ contributions to community-scale flexibility. PNAS Nexus 3:page047 [Link]
Hayashi, Fujita H, Toju H (2024) Deterministic and stochastic processes generating alternative states of microbiomes. ISME Communications 4: ycae007 [Link]
Suzuki SS, Baba YG, Toju H (2023) Dynamics of species-rich predator–prey networks and seasonal alternations of core species. Nature Ecology & Evolution 7:1432-1443 [Link] [Online-only full text]
Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (2023) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]
Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (2023) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]
Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome 11:53. [Link]
Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome 11:53. [Link]
Toju H, Yamamichi M, Guimarães PR Jr, Olesen JM, Mougi A, Yoshida T, Thompson JN (2017) Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. [Link]
Toju H, Yamamichi M, Guimarães PR Jr, Olesen JM, Mougi A, Yoshida T, Thompson JN (2017) Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. [Link]
Toju H, Yamamoto S, Tanabe AS, Hayakawa T, Ishii HS (2016) Network modules and hubs in plant–root fungal biomes. Journal of the Royal Society Interface 13:20151097. [Link]
その他の論文は 業績リスト をご覧ください。
2024/07/10 世界中で空気中の胞子を集めて分析し、真菌叢を全球的に比較するプロジェクトに参加した際の論文が、Natureで出版されました。
Abrego N et al. (2024) Airborne DNA reveals predictable spatial and seasonal dynamics of fungi. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-024-07658-9 [Link]
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