京都大学 生命科学研究科
生態進化学 研究室
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生物間相互作用の自然史から生命科学と情報科学の融合へ
生物間相互作用の自然史から生命科学と情報科学の融合へ
- 複雑生命システムの駆動原理を探る -
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大学院生進学・博士研究員での研究ご希望の方はご連絡ください。一緒に研究を楽しみましょう！
新着情報
2025/04/01 三ツ田有歌理さん（学振PD）と秋元大己さん（M1）が研究室に加わりました！
2025/03/13 藤田博昭さんの研究内容が京大HPで公表されました。
「日本農地における安定な土壌微生物群集を推定―細菌・真菌群集の安定状態とその機能―」
2025/02/25 藤田博昭さんの論文が受理されました。日本全国の農地土壌の微生物叢構造を調べて、「代替安定状態」となっている菌叢構造を探りました。
Fujita H, Yoshida S, Suzuki K, Toju H (2025) Alternative stable states of microbiome structure and soil ecosystem functions. Environmental Microbiome 20:28 [Link]
2014/12/25 生命科学研究科で3月に開催される「スプリング・スクール」の募集が始まりました。本研究室では、参加者の興味に合わせて、次世代シーケンサーを使った分析を体験できる内容にする予定です。日程等ご不明な点があれば、ご連絡ください（連絡先は研究室が出版した論文内で見つけてください）。
2024/11/04 野口幹仁さんの論文が出版されました。冷温帯林内の菌根菌と内生菌の空間分布を、途方もない労力で解明した力作です。24ページの原著論文!
Noguchi M, Toju H (2024) Mycorrhizal and endophytic fungi structure contrasting but interdependent assembly processes. Environmental Microbiome 19:84 [Link]
2024/10/24 ウィーン大学のChristina Kaiserさんが来訪し、特別セミナーを開催しました。
2024/10/11 和歌山研究林で佐藤拓哉研究室（生態学研究センター）と合同の野外調査を行いました。佐藤研のフィールドでの蓄積と本研究室での微生物叢の分析を融合していく予定です。
2024/08/16 オランダのマーストリヒトで開催された国際菌学会に参加してきました。
2024/07/10 世界中で空気中の胞子を集めて分析し、真菌叢を全球的に比較するプロジェクトに参加した際の論文が、Natureで出版されました。
Abrego N et al. (2024) Airborne DNA reveals predictable spatial and seasonal dynamics of fungi. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-024-07658-9 [Link]
2024/05/30 フィンランドの Otso Ovaskainen さんの研究グループを中心とした国際共同研究の成果が出版されました。世界中で空気中の胞子を集めて分析した結果で、第一弾のデータペーパーです。
Ovaskainen O et al. (2024) Global Spore Sampling Project: a global, standardized dataset of airborne fungal DNA. Scientific Data 11:561 [Link]
2024/06/22 オーストリア・ウィーン大学に4名が滞在してきました。共同研究プロジェクトが立ち上がりました。
2024/06/07 東北で植物調査をしてきました。ブナ林の地下全体で植物と細菌・真菌が構成する共生系を解明します。もう一つの重要テーマが植物の極限環境適応。硫黄が吹き出す火山地帯に進出できる植物の共生者を分析しています。
2024/05/22 志摩の海に調査に行きました。魚類の共生細菌叢を分析します。
2024/04/15 京都大学HPからプレス・リリースを行いました。
農地土壌の微生物叢から作物病害リスクを診断する ―日本列島全域の網羅的DNA分析―
Fujita H, Yoshida S, Suzuki S, Toju H (2024) Soil prokaryotic and fungal biome structures associated with crop disease status across the Japan Archipelago. mSphere https://doi.org/10.1128/msphere.00803-23 [Link]
その他のお知らせは こちら から。
代表論文
Toju H, Suzuki SS, Baba YG. (2024) Dynamics of interaction networks and species’ contributions to community-scale flexibility. PNAS Nexus 3:page047 [Link]
Hayashi, Fujita H, Toju H (2024) Deterministic and stochastic processes generating alternative states of microbiomes. ISME Communications 4: ycae007 [Link]
Suzuki SS, Baba YG, Toju H (2023) Dynamics of species-rich predator–prey networks and seasonal alternations of core species. Nature Ecology & Evolution 7:1432-1443 [Link] [Online-only full text]
Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (2023) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]
Fujita H, Ushio M, Suzuki K, Abe MS, Yamamichi Y, Iwayama K, Canarini A, Hayashi I, Fukushima K, Fukuda S, Kiers ET, Toju H (2023) Alternative stable states, nonlinear behavior, and predictability of microbiome dynamics. Microbiome 11:63. [Link]
Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome 11:53. [Link]
Yajima D, Fujita H, Hayashi I, Shima G, Suzuki K, Toju H (2023) Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics. Microbiome 11:53. [Link]
Toju H, Yamamichi M, Guimarães PR Jr, Olesen JM, Mougi A, Yoshida T, Thompson JN (2017) Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. [Link]
Toju H, Yamamichi M, Guimarães PR Jr, Olesen JM, Mougi A, Yoshida T, Thompson JN (2017) Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level. Nature Ecology & Evolution 1:0024. [Link]
Toju H, Yamamoto S, Tanabe AS, Hayakawa T, Ishii HS (2016) Network modules and hubs in plant–root fungal biomes. Journal of the Royal Society Interface 13:20151097. [Link]
その他の論文は 業績リスト をご覧ください。
2024/07/10 世界中で空気中の胞子を集めて分析し、真菌叢を全球的に比較するプロジェクトに参加した際の論文が、Natureで出版されました。
Abrego N et al. (2024) Airborne DNA reveals predictable spatial and seasonal dynamics of fungi. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-024-07658-9 [Link]
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