Працював молодшим науковим співробітником на фізичному факультеті Київського державного університету у 1973-1977 рр.У 1977-2001 роках працював асистентом, доцентом, професором кафедри фізики Київського міжнародного університету цивільної авіації (КМУЦА, зараз Національний авіаційний університет) і у той же час займався науковою роботою в Інституті гідромеханіки Академії наук України. 

З 2001 року працює професором кафедри радіоелектроніки (зараз кафедра ЕРМІТ) Національного авіаційного університету. Являвся членом наукових товариств з біомедичної інженерії (США,2002 р.) та матеріалознавства (США, 1992р.), Європейського товариства з матеріалознавства (Франція, 1992р.), міжнародних наукових товариств SPIEта IEEE. 

Професор Азнакаєв Е.Г. є добре відомим фахівцем у галузі біофізики, статистичної фізики та процесів переносу у щільних середовищах. 

У 1999 році закінчив університетський курс з англійської мови та курси з англійської мови у школі ім. Джефферсона (м. Шарлоттесвиль, США) у 2002 роціта „Mini-MedicalSchool” в університеті Вірджинії (США, 2002 р.). 

У 2001-2002 навчальному році як VisitingProfessor проводив наукові дослідження на кафедрі біомедичної інженерії університету Вірджинії (США) та на інженерному факультеті університету Саутгемптона (Велика Британія, 2015 р.). Його наукові досягнення були відзначені у міжнародних виданнях “Who’s Who in Science and Engineering” (2002) and “Who’s Who in the World” (2007) та „2000 Outstanding Scientists of the 21st Century” (2002).

З 1970 до 1973 року навчався в ад’юнктурі Київського вищого інженерно-авіаційного військового училища Військово-повітряних сил.

З 1974 до 2000 року працював викладачем, старшим викладачем, старшим науковим співробітником, замісником начальника кафедри, начальником кафедри, професором Київського інституту Військово-повітряних сил в м. Києві. Керував та брав участь у створенні 12 типів процесорів для обробки у реальному часі сигналів радіолокаційних, телевізійних та тепловізійних зображень, у розробці техніки для ліквідації аварії на Чорнобильській АЕС.

З 1993 року – професор, академік АН ВШ України (відділення військових наук). В 1994 році одержав диплом міжнародної виставки в Брюсселі.

1996 року керував та брав участь в розробці рентгенівських багато матричних приймачів з цифровою обробкою зображення. З 2000 року приймачі дозволені до використання в медичних установах України. В 2001 році федеральна комісія (FDA) дозволила використання багато матричних приймачів на території США. В Європейській спільноті використання приймачів дозволено з 2006 р. З 1996 щорічно бере участь в конгресах та виставках радіологічного товариства Північної Америки в м. Чикаго, Європейського Конгресу радіологів у м. Відень (Австрія) та виставці MEDICA (Німеччина). 

З 2006 р – Генеральний директор «Науково-виробничого об’єднання Телеоптика», яке визнано як лідер медичної галузі України. 

З 2000 року працює професором в НАУ на кафедрі електроніки. Очолює філіал кафедри ЕРМІТ НАУ на базі «НПО Телеоптик».

У 1962 році закінчив з відзнакою Київський інститут інженерів цивільного повітряного флоту (КІІЦПФ – КІІЦА – КМУЦА – НАУ) за фахом технічна експлуатація авіаційного радіообладнання літаків. 

У 1964 році поступив до аспірантури КІІЦА і в 1966 році достроково захистив дисертацію на здобуття вченого ступеня кандидата технічних наук. 

З 1966 по 1985 рокі працював на посадах асистента, ст. викладача, доцента кафедри бортового радіоелектронного обладнання літаків та кафедри технічної наземного авіаційного радіоелектронного обладнання. З 1966 по 1969 рокі працював за сумісництвом заступником декана факультету авіаційного радіоелектронного обладнання (ФАРЕО). 

У 1985 році захистив дисертацію на здобуття вченого ступеня доктора технічних наук у КІІЦА. 

У 1986 році обраний деканом ФАРЕО, обіймаючи цю посаду на протязі трьох років. 

З 1987 по 2008 роки працював завідувачем кафедри радіоелектроніки ФАРЕО. Звання професора по кафедрі радіоелектроніки отримав у 1988 році. 

У 1989 році призначений на посаду проректора з наукової роботи НАУ, на якій працював до грудня 2001 року. 

З 2008 року по теперішній час – професор кафедри радіоелектроніки (зараз кафедра електроніки, робототехніки і технологій моніторингу та інтернету речей) НАУ. Загальний науково-педагогічний стаж роботи 54 роки. 

Обіймаючи посаду проректора з наукової роботи КМУЦА – НАУ в 1995-1999 роках очолював Державну міжгалузеву науково-технічну програму «Розробка та створення сучасних засобів, матеріалів та ресурсозберігаючих технологій для підвищення ефективності експлуатації цивільної та військової авіації України», яка була затверджена Розпорядженням КМ України від 27.06.95 р. за № 384р. За результатами виконання програми у 2000 році Указом Президента України присвоєно почесне звання «Лауреата Державної премії України за роботу в галузі літакобудування». 

Рішенням вченої ради НАУ у 2010 році присвоєно звання почесного професора НАУ. 

Указом Президента України № 590/2011 від 20 травня 2011 року присвоєно почесне звання «Заслужений діяч науки і техніки України». 

Нагороджений медалями з нагоди «1500 річчя Києва», та «Ветеран праці». 

Підготував 10 кандидатів та двох докторів технічних наук. 

Є членом редакційних колегій журналу «Безпека інформації» та електронного журналу «Комп’ютерні науки та кібербезпека». 

Очолював та входив до складу багатьох спеціалізованих вчених рад із захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора технічних наук. Зараз є членом двох спеціалізованих вчених рад Д 26.062.08 та Д 26.062.17. 

За час науково-педагогічної роботи підготував 10 кандидатів та двох докторів технічних наук. Опублікував понад 400 наукових і науково-методичних праць. 

Є засновником та гарантом освітньої професійної програми «Програмно-апаратні засоби криптографічного захисту безпілотних аерокосмічних комплексів».