อำเภอขุนหาญในอดีตเป็นที่อยู่อาศัยของพวกขอมหรือเขมร และส่วย (กุย,กูย) โดยมี ปูชนียะสถานที่ปรากฏเป็นหลักฐาน เช่น ปราสาทตำหนักไทร ปราสาทภูฝ้าย ซึ่งสันนิษฐานว่าดินแดนแห่งนี้เคยมีความเจริญรุ่งเรืองมาก่อน
เดิมอาณาเขตของอำเภอขุนหาญ เป็นอาณาเขตเมืองกันทรลักษ์เดิมทั้งหมด ซึ่งเมืองกันทรลักษ์นั้น ตั้งครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2410 ที่ว่าการอยู่ที่บ้านไพรอาบาล ในปัจจุบันอยู่ในอาณาเขตอำเภอจอมกระสาน ประเทศกัมพูชาประชาธิปไตย ซึ่งอาณาเขตครอบคลุมพื้นที่อำเภอขุนหาญในปัจจุบัน เมื่อ พ.ศ.2411ได้ย้ายที่ว่าการเมือง มาตั้งอยู่บ้านลาวเดิม ในปัจจุบันคือบ้านหลักหิน ตำบลบักดอง ในปี พ.ศ. 2443 ได้ยุบเมืองกันทรลักษ์ลงเป็น อำเภอกันทรลักษ์ เมื่อ พ.ศ. 2444
เกิดเหตุไม่สงบในเมืองขุขันธ์ เกิดกบฏท้าวบุญจันทร์ เมื่อเรื่องสงบแล้วจึงยุบ อำเภอกันทรลักษ์ ให้ตำบลพรานและตำบลไพรไปร่วมกับอำเภออุทุมพรพิสัย (อำเภอกันทรลักษ์ ในปัจจุบัน) ตำบลที่เหลือทั้งหมด คือ ตำบลขุนหาญ ตำบลสิ ตำบลบักดอง ตำบลกันทรอม ให้ขึ้นตรงกับอำเภอห้วยเหนือ(อำเภอขุขันธ์) (พระราชเมธี วรวิทย์ ประวัติเมืองในเขตภาค 10 ตอน ประวัติศรีสะเกษ , 2531 : 201-203)